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叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程）

前言 叶绿体基因组（cpDNA）是环状的，在大小、结构和基因含量方面都相对保守，目前常被用于属水平的进化研究以及分子鉴定。叶绿体基因的注释是目前对基因组最常见、最基础的分析。 一、CPGAVAS2的使用 首先要寻找最佳的参考基因组，打开NCBI官网：National Center for Biotechnology Infor

教程 | 做一个自己专属的本地 BLAST 数据库

写在前面 中秋和国庆期间，我总是要往返广州贵阳。工作在广州，家人在贵阳，于是多出了不少旅途时光。手机信号自然是没有，也常常是夜晚的航班。播客听多了，发现只能等着节目更新。来来去去，最后还是要闭眼思考。 活着，为了什么？ 这个课题怎么做？那个课题怎么做？ 有没有什么新课题想法？

18：VMware Horizon View 8.0－常见问题

一、连接虚拟化有多种方法，可以通过网页访问，可以使用horizon view client访问，也可以使用瘦客户端访问网页访问量，显示效果不是太好，浏览器不是很稳定，所以平常使用最多的还是使用电脑安装horizon view client客户端或者使用瘦客户端来访问， 使用horizon view client连接服务器访问虚拟化

Horizon从客户端登录桌面时显示黑屏

问题描述 1）当使用PCoIP协议连接到Horizo​​n daas虚拟机时，显示为黑屏，过一段时间后客户端自动断开连接，显示消息“vmware horizo​​n客户端与远程计算机的连接超时”或。使用RDP和Blast协议可成功连接到同一虚拟机。 2）内网通过PCoIP连接正常，但是，外网连接则显示为黑屏。 3）零客

有用的本地BLAST网站

https://github.com/seqan/lambda/wiki/BLAST-Output-Formats http://scikit-bio.org/docs/0.5.4/generated/skbio.io.format.blast6.html https://seqan.readthedocs.io/en/master/Tutorial/InputOutput/BlastIO.html http://www.metagenomics.wiki/tools/blast/blastn-outp

膜法记录(二进制枚举）

传送门 题目描述 牛牛最近在玩一款叫做《膜法记录》的游戏，这个游戏的机制是这样的： 在一局游戏中，所有的敌人都排布在一个 n 行 m 列的网格中，牛牛指挥着他的魔法少女对敌人进行攻击。 攻击有两种类型：行blast，列blast 行blast能消灭一整行的敌人，列blast能消灭一整列的敌人 牛牛

基因家族分析之同源基因的寻找

Blast进行同源基因的寻找 参考博客： http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849 https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/ 基于蛋白的比对结果，寻找某一个蛋白家族的同源基因，使用如下的参数 identity >30%； e-value <1e-10； score>200 overlap >60% 首先对感兴趣的基因家族蛋白序列

生信 - 从repeatmasker传送门过来的 blast

以前有的是非完整时间写的博客，抽时间需要统一整理一下。   今天在重新装repeatmasker。 整个过程是这样的，有关联的事情有两个。 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites，其中就可能用到了blast，而之前一直找这个版本的blast，在ncbi硬是没有找到： For RMBlast ( NCBI Blast modified

c-blast无法创建单位计数容器

我建立一个爆炸的本地数据库.但是,当我运行blastn命令时,出现以下错误消息： T0 “/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/s

在目录中遍历文件,创建输出文件

我试图遍历特定目录(称为序列)中的每个文件,并对每个文件执行两个功能.我知道这些功能(“ blastp”和“ cat”行)可以工作,因为我可以在单个文件上运行它们.通常,我将使用特定的文件名作为查询,输出等,但是我试图使用变量,以便循环可以处理许多文件. (免责声明：我是编码的新手.)我认

《生物信息学：导论与方法》----序列数据库搜索----听课笔记（五）

3.1 序列数据库 Sequence Database Searching Rather than do the alignment pair-wise, it's more often to search sequence database in a high-througnput style. Or, identify similarities between: novel query sequence (whose structures and functions are usually