叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程）

前言

叶绿体基因组（cpDNA）是环状的，在大小、结构和基因含量方面都相对保守，目前常被用于属水平的进化研究以及分子鉴定。叶绿体基因的注释是目前对基因组最常见、最基础的分析。

一、CPGAVAS2的使用

首先要寻找最佳的参考基因组，打开NCBI官网：National Center for Biotechnology Informationhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/

点击BLAST，跳转页面后点击Nucleotide BLAST

 

 

输入目标序列的accession number或者提交序列文件后，点击左下角BLAST

 

出现这个界面后耐心等待

 

对比完成后出现这个页面，点击第一个结果的对应编号，下载相应的Genbank文件

 

下一步打开CPGAVAS2，界面如下，CPGAVAS2的在线地址为：CPGAVAS2http://47.96.249.172:16019/analyzer/annotate

 提交目标物种的基因序列（fasta.），选择3数据库，然后提交自己在NCBI上BLAST后下载的最佳序列的Genbank文件，参数不做改变，点击submit

 

提交后耐心等待，记录自己的project id，方便后续查询

 等待5-10min后，打开ViewResults，搜索相应的project id，就可以看到结果啦

 若项目已经运行完毕，往下拉就会看到具体信息，可以根据自己的需求下载相应文件，比如gb文件，CDS文件，圈图（image4.png）等等

二、OGDRAW绘制圈图

OGDRAW在线地址如下：

MPI-MP CHLOROBOX - OGDRAWOGDRAW - draw high-quality graphical maps of Organellar Genomeshttps://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html打开后出现如下界面

要在upload处上载物种序列的gb文件（可由CPGAVAS2注释得到，也可以在NCBI下载），选择PS，勾选方框后选择Submit

 

 结果出来后，点击output-graph，点击Download即可下载。下载后导入AI将圈图中央的物种名称改成自己物种的拉丁文即可

 

标签：文件,圈图,基因组,OGDRAW,点击,BLAST,CPGAVAS2,下载
来源： https://blog.csdn.net/weixin_62735625/article/details/122675661