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脱靶网站CHOPCHOP
1.脱靶网站CHOPCHOP CHOPCHOP是用于设计基因敲除用sgRNA，还可以用来设计基于CRISPR的基因激活、沉默等，同时也是针对多种物种的。 首先在官网界面，输入基因名字或Fasta序列，选择相应的物种，然后点击运行即可搜寻候选的sgRNA 以5593为例：输入基因名字、选择芝麻物种 结果界面：新手教新手：3 SQL Select 语句 GROUP BY 子句
新手教新手：3 SQL Select 语句 GROUP BY 子句 SQL SELECT 语句中的下一个子句是 GROUP BY 子句。这将为列中的每个唯一值创建一组行。在按分组的列中具有相同值的所有行将彼此相邻返回。没有任何其他条款，这是有限的使用。使用 ORDER BY 子句可以按组中值的顺序列出组。 选择物种，品生态系统服务——生物多样性分布数据
数据下载链接：数据下载链接 生物多样性是生物及其环境形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过程的综合，包括动物、植物、微生物和它们所拥有的基因以及它们与其生存环境形成的复杂的生态系统 生物多样性保护重要性模拟数据以县为单元，收集指示物种分布。满足如下任一标准即选为多物种密码子偏好性（RSCU）绘图
之前写了画多个物种rscu的脚本，给大家分享下 有需要的加QQ群获取：936427018从NCBI中下载各物种参考基因组
1. 打开NCBI 2. 输入物种名，以HPV为例： 搜索，到genomes分栏下面选择Assembly点击进去 3. 进去下面的界面，再点击RefSeq进入下载界面 4. 进入下载界面： 5. 进行下载，gtf与gff是注释文件，根据自己的需要开始下载文件即可。Maxtent
Maxtent 利用GIS工具，利用Maxent方法建立物种分布模型;举个例子，在罗特内斯特岛使用海藻“埃克洛尼亚” 空间和环境模型可用于解决一系列环境管理问题。模型允许进行情景测试，以检查潜在缓解举措的影响，并对未来环境状况进行预测和模拟。模型可以使用归纳和演绎推理，并被分类为经【游戏精粹】模拟群体行为：Flocking算法
目录 Flocking：模拟群体行为的简单技术有齿物群的模拟：捕食者和猎物 一、flocking：模拟群体行为的简单技术 Flocking(有时也称为是warming或herding)，拥有4项简单的规则，把它们组合在一起时，为自治主体群给出一个类似于鸟群、鱼群的群体行为的逼真形式。 定向行为四川特有物种五小叶槭能否“脱危”
世界自然保护联盟（IUCN）“升级”调整，让原本默默无闻的五小叶槭，以“极危”身份成为各方关注的焦点。 五小叶槭又被称为“植物大熊猫”。历史上，五小叶槭一度被人怀疑是否存在，或已经灭绝。自1929年被发现后，它们曾在人类视野中消失过一段时间。直到1982年，中科院成都生物所的野外科考组NR数据库的物种注释
NR数据库的物种注释 1.创建NR子库 为什么要创建nr或nt数据库的子库，因为这两个库数据量巨大，若只专注某个领域而非全部，则在对自身领域进行注释时就会耗费大量时间，为了节省时间，就需要在原来nr/nt数据库的基础上构建相对的子库。 构建方法如下： 方法一：从NCBI官网下载相应物种的Acc【路径规划】基于BBO算法的无人机三维路径规划matlab源码
摘要：Alfred Wallace和Charles Darwin在19世纪提出了生物地理学理论，研究生物物种栖息地的分布、迁移和灭绝规律。Simon受到生物地理学理论的启发，在对生物物种迁移数学模型的研究基础上，于 2008年提出了一种新的智能优化算法 — 生物地理学优化算法（Biogeography-Based OptimizationMothur可视化_Mothur输出结果可视化_测序数据分析常用图表
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱人类起源
人类要么是外星移民，要么是外星人造的，很可能是外星人放到地球上的为了繁衍后代做的实验，如果不是实验的话，就是为了学习人类是怎么克服繁衍问题的，人的意识是可以穿越在不同的平行宇宙中，所以有的人具有超凡的智慧。这不是偶然，一切物种的目的都是为了繁衍，为了繁衍可以失去生命，这就是物教遗传算法人工智能玩超级马里奥大陆
这是教授 AI 为 GameBoy 玩超级马里奥乐园系列的第一篇文章，在这里我将向您展示如何开发遗传算法 AI 以使用 Python 玩超级马里奥乐园。 （完整代码在我的 GitHub 链接在文末） 《超级马里奥大陆》是任天堂开发的一款平台游戏，它讲述了一个勇敢的水管工马里奥拯救公主的故事。 下面教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]
写在前面 基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定性结果，如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红？这完全有可能是特定家族成员扩张导致。这些问题，【豆科基因组】绿豆基因组2014NC
目录来源一、简介二、结果基因组组装重复序列和转座子基因组特征和基因注释绿豆的驯化豆科基因组复制历史基于转录组分析的豇豆属形成绿豆育种基因组资源三、讨论四、方法材料组装SNP/INDEL 分析和全基因组比对遗传图谱构建转座子（TE）检测和重复序列屏蔽基因预测和注释转录因子（TF）鉴miRNA的名字，到底是什么意思？
成熟的miRNA是一类内源性非编码单链RNA，其长度约为19-25nt，具有很高的保守性。其通过装载进入AGO2蛋白形成RISC复合物，对靶基因进行转录后调控作用，在生物进程中起到非常重要的作用。1、miRNA相关数据库miRBase是miRNA主要的公共数据库，提供miRNAs序列以及注释查询、定位、发卡序列查询，无创和微创技术结合首次鉴定出新物种
开放获取期刊《BMC生物学》杂志日前发表一项生物学研究，德国科学家团队展示了用磁共振成像（MRI）、微CT和微创基因检测相结合的方法，替代传统解剖法，在鉴定出一个新的深海品种的同时，达到了前所未有的形态特征描述。这是第一次通过无创和微创技术的新颖结合，在不损坏样本的情况下对大常用物种拉丁文名称
Homo sapiens (human，人) Mus musculus (mouse，小鼠) Rattus norvegicus (rat，大鼠) Xenopus laevis (frog，爪蟾) Drosophila melanogaster (fruit fly，果蝇) Caenorhabditis elegans (nematode，线虫) Arabidopsis thaliana (thalArcMap中使用Weighted Sum工具叠加Maxent结果
将固定区域的不同物种的预测结果叠加，可以展示该地区的物种丰富度地理格局 首先，将maxent输出的结果二值化 然后Spatial Anylyst Tools - Overlay - Weighted Sum 汉化版（Spatial Analyst 工具 - 叠加分析 - 加权总和)如何根据taxid（或taxname）快速获得taxname（或taxid)?
目录需求实现 需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和nodes.dmp胡家奇：警惕人工智能 比无条件拥抱更合情合理
纵观人类历史，从石器时代到电气时代，人类走了十万年，从电气时代到今日数字时代高峰，还不到二百年。近半个世纪来，奠定数字时代基础的集成电路元器件数量每12个月就翻一番，性能提升一倍。21世纪，仅仅几年时间，移动网络、大数据就统治了世界，人工智能已开始侵蚀人类的地位。 科学技术对MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新
经过几轮调试和修改，共线性图终于可以上眼了。如下： 图中红色的为目标基因，蓝色的为reference species目标基因周围15个基因，天蓝色为再往外15个基因，黄色为与reference species存在的共线性，灰色为相邻物种间的共线性。 标注有物种信息，scaffold信息，并用颜色加以区分物种的不同属【数据库】本地NR数据库如何按物种拆分？
目录1.准备本地数据库文件1.1 NR库下载1.2 Taxonomy数据库下载2.按物种拆分NR库2.1 第一步：获得Aceesson和分类物种的对应关系2.2 第二步：获得分类物种的序列2.3 第三步：建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，是所有GenBank+EMBL汉语-词语：孑遗
ylbtech-汉语-词语：孑遗 孑遗，汉语词汇。 拼音：jié yí 释义：1、遗留；残存。2、残存者；遗民。3、指遗迹。 孑遗物种亦称古特有种或“残遗种”。是指过去分布比较广泛，而现在仅存在于某些局限地区的古老动植物种，如新西兰的楔齿蜥和中国的银杏及水杉等。 1.返回顶部 1、 中话说慈禧 第七回 天国是啥物种
老潘说事儿 话说慈禧 第七回 天国是啥物种 慈禧当权之后，摆在她面前的头等大事就是镇压太平天国。在这里，咱们有必要说说这个太平天国是怎么来的，近代史上这么重大的历史事件，不讲是不行的。 太平天国从1851年金田起义，一直到1864年被清政府镇压，前后经历了十好几年，是中国历史上最大规