如何根据taxid（或taxname）快速获得taxname（或taxid)?

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需求

我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。

实现

因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和nodes.dmp文件，分别是物种层级关系文件和taxid与物种名对应文件。但我想要的只是species这个层级的，所以要结合这两个文件写个小程序才能实现，并且很可能出错，因为我不知道到底哪个才是标准的species name。

比如说，我想要知道taxid为10090的物种名，在names.dmp文件中有如下这么多对应关系：

其实，NCBI的Taxonomy数据库自带了一个叫TaxIdentifier的工具（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi），可以轻松转换。

如上图我输入一个taxid list，直接得到以下结果：

通过选择full taxid lineage，也可以得到该物种的所有谱系关系：

反过来，通过taxname来获得taxid也是一样的，不过要注意名字的规范性。

可见在生物学问题研究上，很多轮子已经造成了，要学会搜索和使用。关键还是需求问题。

标签：文件,Taxonomy,list,taxid,dmp,物种,快速,taxname
来源： https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14210730.html