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miRNA的名字,到底是什么意思?

作者:互联网

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成熟的miRNA是一类内源性非编码单链RNA,其长度约为19-25nt,具有很高的保守性。其通过装载进入AGO2蛋白形成RISC复合物,对靶基因进行转录后调控作用,在生物进程中起到非常重要的作用。


1、miRNA相关数据库

miRBase是miRNA主要的公共数据库,提供miRNAs序列以及注释查询、定位、发卡序列查询,以及提供命名服务。

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截止到现在,miRBase 21 共收录了28645条miRNA信息。其中人类的共收录了1881条pre-miRNA(前体),以及2588条成熟的miRNAs。

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2、miRNA的命名规则

一般情况,我们从文献上看到一条miRNA,它名称一般是这样的:miR-21、let-7等等。但很多的时候,我们看到的miRNAs是这样的:

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rno-miR-9*

  1. 首先,miRNA命名先确定物种名称,如人种的为hsa,然后加上miRNA的简写miR/mir,最后加上其被发现的顺序,如上述的hsa-miR-217。

  2. 在确定命名规则之前发现的miRNA则保留原来的名字,如hsa-let-7。

  3. 有一类同源的miRNAs,它们可能只有1-2个碱基的差别,同源性非常高,那么在第一个发现并命名的miRNA后加上a、b、c……

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  4. 有的miRNA可以由不同染色体的DNA序列转录而成,为了表示来源不同,则在名字后面加上1、2、3……

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  5. 在miRNA成熟过程中,一直到装配进AGO2蛋白,miRNA都是双链的,这就有可能从3'或5'端臂产生最终成熟的miRNA。在以前,产生表达水平高的miRNA后面不加任何符号,而表达量低的则加上“*”,以示区分。如:

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    现在基本都使用“-5p”“-3p”来区分miRNA是由哪条臂形成的。图片

  6. 还有一种情况是这样的:miR-17-92这表示的是基因簇,在miRNA成熟过程中能产生多条的miRNAs。例如这个miR-17-92簇,它能产生miR-17、miR-18、miR-19a、miR-20、miR-19b、miR-92这6个成熟的miRNA。


3、不同物种之间的miRNA前体和成熟体命名的差别

a. 动物:

miRNA前体:以动物物种缩写-mir-命名顺序,如hsa-mir-227

miRNA成熟链:以动物物种缩写-miR-命名顺序,如hsa-miR-227-5p

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b. 植物:

miRNA前体:以植物物种缩写-MIR+命名顺序,如ath-MIR156a。注意:MIR是大写,并与命名顺序之间没有“-”;

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miRNA成熟链:以植物物种缩写-miR+命名顺序,如ath-miR156a-5p。注意:miR是小写,并与命名顺序之间没有“-”。

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c. 病毒:与动物一致。

miRNA前体:以病毒物种缩写-mir+命名顺序,如bhv1-mir-B6

miRNA成熟链:以病毒物种缩写-miR+命名顺序,如bhv1-miR-B6-5p

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标签:顺序,意思,成熟,名字,物种,miRNA,命名,miR
来源: https://blog.51cto.com/u_15127646/2780978