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生信实验四
1.导入数据 setwd('D:/陈思杰/大创/稳定对') library('GEOquery') rm(list = ls()) ##数据导入 data=getGEO('GSE113486',destdir='.')[[1]] info=pData(data) #标签信息：癌症分类信息在第36列 info=as.character(info[,36]) exp=exprs(data) #表达谱矩阵 miRNA=data@fe初探RNA | RNA分类 | miRNA | lncRNA
基本问题： RNA的起源、定位和意义 明确RNA的各种概念分类 各种RNA的基本结构和功能 意义 有一种学说：RNA是生命的起源。 先有鸡（DNA）还是先有蛋（蛋白质），好像都不太可能，那有没有可能先有RNA？桥接了DNA和蛋白质，RNA本身也是一种酶。 分类 首先按是否coding，分coding RNA和non-codingmiRNA的名字，到底是什么意思？
成熟的miRNA是一类内源性非编码单链RNA，其长度约为19-25nt，具有很高的保守性。其通过装载进入AGO2蛋白形成RISC复合物，对靶基因进行转录后调控作用，在生物进程中起到非常重要的作用。1、miRNA相关数据库miRBase是miRNA主要的公共数据库，提供miRNAs序列以及注释查询、定位、发卡序列查询，Cell阶段总结：非编码RNA从实验走向临床
对于学术明星ncRNA的深度综述世纪之初，随着人类基因组计划的完成，人们惊奇地发现，在蕴藏生命奥秘的30亿个碱基中，仅有2%编码蛋白质，其余98%都是非编码的。起初，研究者们认为这98%的基因都是“垃圾基因”，但随着lin-4和let-7这两个microRNA的发现，人们逐渐揭开了非编码RNA的神秘面纱。时至今8分期刊上miRNA与疾病研究的另一个招式
经典老文给出的科研启示小鹿在前面的文章《不会研究疾病？来点简单的临床SNP套路》里给大家介绍miRNA的SNP的临床研究范式，主要研究的是miRNA的SNP与临床因素的相关性。今天给大家介绍的是miRNA的SNP的基础实验研究范式啦！我们都知道miRNA是一种长度为21到23个核苷酸的RNA分子，当它结合干货 | StarBase中miRNA与其他非编码RNA的互作检索
老实讲，我现在觉得mRNA头上有片大草原......上期给大家介绍了用starBase研究miRNA与mRNA之间的interaction （点这里可看），这期给大家介绍用它来寻找miRNA与包括lncRNA、circRNA、sncRNA、假基因在内的非编码RNA之间的interaction。进入网站 http://starbase.sysu.edu.cn/index.php 后