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Cell阶段总结:非编码RNA从实验走向临床

作者:互联网

对于学术明星ncRNA的深度综述


世纪之初,随着人类基因组计划的完成,人们惊奇地发现,在蕴藏生命奥秘的30亿个碱基中,仅有2%编码蛋白质,其余98%都是非编码的。起初,研究者们认为这98%的基因都是“垃圾基因”,但随着lin-4和let-7这两个microRNA的发现,人们逐渐揭开了非编码RNA的神秘面纱。时至今日,非编码RNA仍然是目前生物学领域最热门的研究方向之一。
在去年的11月份发表于Cell上的一篇题为“The Role of Non-coding RNAs in Oncology”的综述中,作者概述了目前研究的几种主要的非编码RNA,并列举了一些基于非编码RNA的正在进行或刚刚完成的临床试验,最后作者对非编码RNA领域的未来发展进行了展望。
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全文可以分为3个部分,第一部分概述目前主要研究的非编码RNA及其与肿瘤发展的关系;第二部分列举了将非编码RNA应用于肿瘤诊断和治疗的临床试验;第三部分展望了非编码RNA领域的未来发展:

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miRNAs

Micro RNAs(miRNA)是一类长度大约为22nt的小ncRNA,主要通过miRNA的5’端(被称为种子序列)与靶RNA互补配对结合调控RNAs的表达,尤其是mRNA。
编码miRNA的基因由RNA聚合酶II转录,并通过保守的途径进一步加工。在经典的加工途径中,这个较长的初级转录本,被称为pri-miRNA,形成一个被微处理器复合体(microprocessor complex,包括Drosha和DGCR8)识别的特征性发夹结构,随后被切成pre-miRNA,大约60 nt,接着在Exportin5和Ran-GTP协助下输出至细胞质中。
pre-miRNA的末端被Dicer酶切割形成miRNA双链,每条单链的5’端为磷酸,3’端为2nt的粘性末端。miRNA双链中的引导链装载到Argonaute蛋白上,形成RNA诱导的沉默复合体(RISC),RISC包含着成熟的22nt的miRNA。成熟的miRNA通过与mRNA的3’UTR结合,发挥降解或者转录抑制作用,此过程如图1所示(He & Hannon, 2004)。
图片图 1:miRNAs生物合成过程

在所有的小ncRNAs中,miRNA是目前研究最广泛的。从现有研究的成果来看,miRNAs在癌症中的作用是多样的,包括促癌、抑癌以及混合作用。所谓混合作用,是指由细胞背景决定的miRNAs的促癌或抑癌作用,即在某些细胞类型中miRNAs发挥促癌作用,而在另一些细胞类型中发挥抑癌作用。
例如,miR-155可以促进异常的B细胞增殖,在此过程中发生一系列变化,最终导致白血病和淋巴瘤的发生。let-7则能够抑制癌基因RAS,RAS基因是一类致癌基因,约占所有人类癌症的三分之一。let-7过表达可降低RAS水平,提示其具有抑癌作用,可作为一种新的有前途的治疗药物。典型的具有细胞背景决定的miRNAs作用的是miR-29,miR-29能够抑制慢性B淋巴细胞白血病进展,但在急性髓系白血病和高侵袭性B淋巴细胞白血病中表达升高,这意味着miR-29也可以作为癌基因发挥作用。

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tsRNAs

近年来,研究者们发现了一类由tRNAs衍生出来的ncRNAs,称之为tsRNAs(tRNA-derived small RNAs, tsRNAs)。
这类ncRNAs的生物起源和下游的作用机制等很多方面还在探索中。在癌症研究中,TCGA来源的数据分析鉴定发现了26531种特异的tsRNAs。
尽管如此,从现有研究来看,tsRNAs在某些方面与miRNAs的作用是相同的。与miRNAs一样,tsRNAs已被发现与Argonaute蛋白相关,可以通过与靶3’UTR结合介导mRNAs的翻译抑制,这种作用可以是致癌的,也可以是抑癌的。

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piRNAs

PIWI-interacting RNAs(piRNAs)是一类长度约21-35nt的小RNA,一般和Argonaute蛋白的PIWI亚家族结合,与生殖细胞发育中的转录本沉默相关。
piRNA前体的产生是物种特异性的,并且piRNAs的序列也不是很保守。由于PIWI蛋白通常只出现在性腺细胞中,因此piRNAs也被认为主要在性腺细胞中发挥功能。但最近的研究表明,很多piRNAs也在体细胞组织中表达,并在癌症中异常表达,这表明这些piRNAs可能也参与癌症进展。
piRNAs的经典功能是沉默转座子,这一过程存在两种机制。在第一种机制中,piRNAs引导PIWI蛋白到达新生的转座子转录本,并在目标转座子启动子上产生异染色质状态,使其转录沉默。在第二种机制中,piRNAs将PIWI复合物导向转座子mRNA,直接裂解转录本。

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lncRNAs

Long non-coding RNAs(lncRNAs)长度大于200 bp,由RNA Pol II从独立启动子转录。与蛋白编码基因相似,它们的基因组位置以转录起始位点的H3K4me3和整个基因编码区的H3K36me3富集为标志。lncRNAs转录本由多个外显子组成,通过经典机制剪接成成熟的转录本,通常包括5'帽子和3'poly(A)尾巴。
然而,与蛋白编码转录本相比,lncRNAs的外显子更少,总体表达水平更低。lncRNAs也不是高度进化保守的,只有5%-6%的lncRNA具有保守序列。因此,有一种观点认为高度保守的lncRNAs可能更具有功能性。然而,有些灵长类特异性lncRNAs可能也参与了疾病过程。
与small ncRNAs相比,lncRNAs表现出更加多样的机制来实现它们的功能,因此这一领域也需要更多的研究。lncRNAs可以通过cis或trans的方式发挥功能,这意味着它们既可以调控自己转录的邻近区域(cis),也可以控制远端基因组或细胞定位区域的基因表达(trans)。lncRNAs也被证明能够在不同水平上影响基因表达,包括表观遗传水平、转录水平和转录后水平。
多种lncRNAs能够介导其他调控作用的核酸分子(如mRNAs、miRNAs、DNA)或蛋白质(如染色质修饰复合物,转录因子,E3连接酶,RNAs结合蛋白)相互接近,发挥灵活的分子支架作用(scaffold),维持细胞活动所需的化学相互作用。
就lncRNAs直接与蛋白复合物结合的功能而言,最具特征的机制之一是引导染色质修饰复合物靶向基因启动子,从而影响转录抑制/激活(Guide)。lncRNAs也常与转录因子结合,对细胞转录程序具有广泛的下游影响。除了蛋白质外,lncRNAs还可以直接与核酸结合,介导其分子作用机制(signal)。另一种常见的机制为lncRNAs作为竞争性内源性RNA (ceRNA)或miRNA的“海绵”(decoy)。这几种作用机制的图示如图2所示(Chen, Wang, Zhang & Chen, 2014):
图片图 2:lncRNAs的作用机制
在癌症研究中,lncRNAs的功能与miRNAs类似,也包括促癌、抑癌和由细胞背景决定的作用三种。例如,HOTAIR是研究最深入的致癌lncRNAs之一,通过靶向PRC2和LSD1/CoREST/REST控制基因抑制,其过表达与乳腺癌和其他几种癌症的不良预后有关。MEG3则是典型的肿瘤抑制lncRNAs之一,除了调节TGF-β通路外,MEG3还下调MDM2的表达,增加p53蛋白水平。NKILA是一种细胞背景决定的lncRNAs,在过表达NKILA人乳腺癌细胞系的小鼠异种移植模型中,NKILA发挥抑癌作用。然而,最近也有研究表明,高表达NKILA可通过诱导细胞毒性T淋巴细胞和Th1细胞死亡,促进肿瘤免疫逃避,促进癌症发展。
此外,还有两种lncRNAs的特例也受到广泛关注——假基因(pseudogenes)和环状RNAs(circular RNAs, circRNAs)。
假基因是lncRNAs转录本的一个亚类,其序列与编码基因相似,但已失活,不再产生功能蛋白。RNA-seq研究发现,在整个基因组中有数千个假基因转录本,其中许多假基因在特定癌症类型中表达。假基因的一种功能是充当诱饵,例如,在大小和结构上与编码基因PTEN基本相同的假基因PTENP1可以作为一种诱饵诱骗靶向PTEN的miRNAs,防止PTEN的表达被抑制。
CircRNAs可以通过与lncRNAs相似的机制发挥促癌或抑癌功能,且显然circRNAs更加稳定,因而具有更好的临床应用前景。

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ncRNAs在肿瘤诊断方面的临床试验


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表1:ncRNAs在肿瘤诊断方面的临床试验

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ncRNAs在肿瘤治疗方面的临床试验


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表 2:ncRNAs在肿瘤治疗方面的临床试验

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对ncRNAs研究领域的展望

目前对于肿瘤的检测指标依然以组织活检为金标准。而如果ncRNAs的诊断能够有效应用于临床,那么基于ncRNAs的血液或尿液检查能够使肿瘤患者免遭侵入性探查的痛苦。
此外,这种方便快捷的检测方法能够进一步在体检中普及,有利于尽早发现肿瘤并进行针对性治疗。近期,在深圳举办的“第六届罗氏诊断全国肿瘤高峰论坛”上,沈阳市肺癌诊治中心、沈阳市胸科医院肿瘤内科主任李茵茵就基于检测循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤细胞(CTC)和外泌体(Exosome)的液态活检在肺癌中的临床应用进行了分享。她指出:“液态活检已成为组织活检的有力补充。在部分应用场景中,液态活检相比组织活检具有更大的优势,有助于进一步提高肺癌的精准诊断和个体化治疗水平。”

虽然ncRNAs在肿瘤诊断和治疗方面的应用仍然处于早期阶段,但随着越来越多的机制被探明,我们有理由相信ncRNAs诊断和治疗有望应用于临床。

参考文献:

[1] He, L. , & Hannon, G. J. . (2004). Micrornas: small rnas with a big role in gene regulation. Nature Reviews Genetics, 5(7), 522-531.

[2] Chen, J. , Wang, R. , Zhang, K. , & Chen, L. B. . (2014). Long non-coding rnas in non-small cell lung cancer as biomarkers and therapeutic targets. Journal of Cellular and Molecular Medicine, 18(12), 2425-2436.


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标签:编码,RNA,ncRNAs,Cell,lncRNAs,转录,miRNA
来源: https://blog.51cto.com/u_15127638/2777170