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脱靶网站CHOPCHOP
1.脱靶网站CHOPCHOP CHOPCHOP是用于设计基因敲除用sgRNA，还可以用来设计基于CRISPR的基因激活、沉默等，同时也是针对多种物种的。 首先在官网界面，输入基因名字或Fasta序列，选择相应的物种，然后点击运行即可搜寻候选的sgRNA 以5593为例：输入基因名字、选择芝麻物种 结果界面：读文献--综述Comparison and evaluation of pathway-leel aggregation methods of gene expression data
读文献--综述:Comparison and evaluation of pathway-leel aggregation methods of gene expression data Introduction Background 得到数据的功能性的理解集中于基因集的功能,比如pathways而不是单个基因.现在pathway-level的分析主要是ORA和GSEA,另外的方法也在探索.该方法首先GEO代码分析流程 - 4. 差异分析 - 数据
4. 差异分析 - 数据 rm(list = ls()) load(file = "step2output.Rdata") #差异分析，用limma包来做 #需要表达矩阵（exp）和分组信息（group_list），不需要改 library(limma) design=model.matrix(~group_list) #分组信息为二分类。 fit=lmFit(exp,design)C20220725T4 基因进化
给出序列 \(s\) ，可以进行翻转操作，使 \(s_{1,i}\) 翻转，但 \(i\) 只能递增，且有 \(m\) 个位置不能翻转。 \(m\leq n\leq 3\times 10^5\) ，多组数据， \(T\leq100\) 。 对于前 \(i\) 个数，所能产生的最小的字典序是多少；无论后面的怎么翻，之前的一定是越小越好；对于相邻两 个能翻的位置 \(i,【动植物研究动态】20220815文献解读
目录Hortic Res | 武汉大学李家儒：盾叶薯蓣高质量基因组解析与薯蓣皂苷生物合成进化The Crop Journal | 华南农业大学肖德琴：一种新的水稻穗多发育期自动识别算法The Crop Journal | 华南农业大学植物航天育种工程技术研究中心定位到正向调控水稻粒长QTLBMC Plant Biology | 南京农【动植物研究动态】20220828文献解读
目录Science Bulletin | 中国农科院作科所徐建龙&邱丽娟：大豆种质资源组学数据库SoyFGBv2.0搭建SCLS | 种康、贾继增等： 中国小麦基因组学和性状改良研究综述The Crop Journal | 中国农科院作科所：小麦穗数智能识别模型并验证其遗传应用价值Genome Research丨华中农大周扬：世界最大规从杂交基因组到杂种优势性状输出：挑战与机遇
目录摘 要简介杂种优势表现在各种植物杂种的整个生命周期基因组变异为杂种优势提供了基本的遗传基础全基因组基因表达变化是杂种优势形成的分子机制群体基因组信息是挖掘杂种优势位点的优良资源结论 从杂交基因组到杂种优势性状输出：挑战与机遇 From hybrid genomes to heterotic获取单个基因的fst信息
#!/bin/bash echo "par1 is gene,par2 is fst_file" #awk '{(if ($3==gene) print $0}' $2>gene_info grep -i $1 gene_info|awk '{print $2,$3,$4}'>${1}_info while read chr start end do awk -v chr=$chr -v start=$start -v end=基因富集分析
前面已经探究了KEGG富集分析的做法，但是存在一些问题。现在进行一些尝试： 尝试1：直接用斑马鱼的基因组为背景进行富集分析：【做KEGG富集分析，必须要：KEGG，NCBI和UniProt的基因编码形式，如果不是，就需要转换】 但是我的基因最先是NCBI蛋白序列的基因编码，因此要先找到蛋白编码与NCBI中Gen$\%$ 您 赛 $11$
\(\text{Date: 7.25}\) \(\%\) 您 赛 \(11\) 写挂了写挂了写挂了写挂了写挂了写挂了 \(\to\text{Link}\leftarrow\) \(T1\) 忘特判(\(-40pts\))，\(T2\) 爆内存(\(-100pts\))，\(T3\) 写复杂， \(T4\) 欠智商还忘去掉\(clock()\)了。 \(\Huge \tt你已经菜成这样了\) \(\Huge \tt还颓废呢【动植物研究动态】20220722文献解读
目录Science | 农科院作科所周文彬：水稻中转录因子OsDREB1C同时提高光合作用效率和氮素利用效率MP | 中国科学院昆明植物研究所吴建强：列当科植物的比较基因组学分析揭示了寄生植物的演化历史Nature Plants | 农科院作科所王天宇：现代玉米杂种优势群遗传改良与分化的基因组学基础Cell易基因｜植物中m6A甲基化酶调节机制：组成、功能和进化
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 N6‐methyladenosine也就是我们平时所说的m6A甲基化修饰，是RNA最关键的内部修饰之一，是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。这种修饰在植物中的范围和功能一直是研究的热点，特别是在模式植物系统【动植物研究动态】20220626文献解读
目录PBJ | 中国农业科学院棉花研究所揭示表达新等位基因动态调控棉花纤维长度的分子机理Molecular Plant | 北京大学现代农业研究院张兴平：发表首个西瓜T2T基因组Plant Com | 江苏省农科院：找回棉花“丢失”的优质纤维和抗旱关键基因Mol Plant | 中国农科院基因组所：解析马铃薯品种“干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。 一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组文献分析 tradeSeq Trajectory-based differential expression analysis for single-cell sequencing data
原文pdf连接 https://www.nature.com/articles/s41467-020-14766-3#Sec23 摘要 轨迹推断通过研究基因表达的动态变化，从根本上增强了单细胞 RNA-seq 研究。在轨迹推断的下游，重要的是发现（i）与轨迹中的谱系相关的基因，或（ii）谱系之间差异表达的基因，以阐明潜在的生物过程。然而，当前的python中 从gff文件提取指定基因信息
1、测试数据下载：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz 2、 [root@PC1 test2]# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz [root@PC1 test2]# gunzip易基因｜植物靶基因DNA甲基化研究超级问答 | 想知道的都在这里 植物靶基因DNA甲基化研究超级问答 | 想知道的都在这里
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化在植物基因组中以CG、CHG和CHH三种碱基序列的胞嘧啶上发生（H=A，T或C），甲基化转移酶包括DRM，CMT和MET等。在植物中，DNA胞嘧啶的甲基化会导致基因表达的改变和转座因子的失活，修饰状态的改变可能产生具有不同表【动植物研究动态】20220529文献解读
目录Cell | 黄学辉/黄三文/韩斌/李家洋受邀发表作物驯化育种的遗传学研究综述Mol Plant | 中国农科院夏兰琴/马有志：高效代理引导基因编辑器并在水稻中率先实现多基因精准编辑PBJ | 英国厄尔汉姆研究所：全基因组测序揭示了六倍体小麦渐渗系的基因组结构变异和转录组图谱Nature PlantLeetCode No433. 最小基因变化
题目 基因序列可以表示为一条由 8 个字符组成的字符串，其中每个字符都是 'A'、'C'、'G' 和 'T' 之一。 假设我们需要调查从基因序列 start 变为 end 所发生的基因变化。一次基因变化就意味着这个基因序列中的一个字符发生了变化。 例如，"AACCGGTT" --> "AACCGGTA" 就是一次基因变化leetcode433题
基因序列可以表示为一条由 8 个字符组成的字符串，其中每个字符都是 'A'、'C'、'G' 和 'T' 之一。 假设我们需要调查从基因序列 start 变为 end 所发生的基因变化。一次基因变化就意味着这个基因序列中的一个字符发生了变化。 例如，"AACCGGTT" --> "AACCGGTA" 就是一次基因【动植物研究动态】20220417文献解读
目录Genome Research | 上海交大&农科院作科所徐建龙：基于三代测序数据的水稻泛基因组构建及分析Plant Com|中国农科院作科所韩龙植&北京大学何航：籼稻血缘渗入对粳稻遗传改良的贡献PBJ | 四川农大卢艳丽：预测植物蛋白质点突变功能效应的机器学习工具PPVEDPlant Com | 新加坡南洋理工GSEA分析详细步骤
GSEA分组分析 文章目录 GSEA分组分析@[toc]1. 根据基因文件进行处理筛选2. 文件内容补充及改名3. GSEA软件使用 GSEA单基因分析 这段时间有空为了某人学习了一下不属于我的领域的东西——GSEA分析（基因富文本分析），下面总结最近所学GSEA分析的步骤及方法。 1. 根据基因文件文献(7): 在非小细胞肺癌中，浆细胞signature可用于PD-L1免疫治疗的响应预测
到今天为止，几乎所有的肿瘤类型都已经发表了对应的单细胞图谱。肿瘤单细胞转录组还有必要做吗？还能做出新意吗？今天分享的这篇文献给出了答案：和免疫治疗结合是不错的点。 除了文献整体思路可借鉴程度高，在分析层面也有很值得参考的细节(比如找亚群特异基因、单细胞结合bulk转录阿里云2022采购季来袭，企业上云数字化转型实例
数字科技陪伴企业成长，2022年，阿里云“上云采购季”全面来袭。为期一个月的采购季活动，阿里云给中小企业和开发者客户准备了各种优惠：采购季大礼包、虎虎生威抽大奖、拼团优惠购、秒杀福利、新人特惠等等。 域名、公司注册1元起，云网络新用户0.01元入门，云服务器首购低至35元一年，云数据R语言零基础基因/数据差异分析（一）
R语言零基础基因/数据差异分析（一） 文章目录介绍环境搭建软件下载结果展示基因数据下载流程基因数据处理利用GEO分析绘制拟火山图 注意，本 系列 有连贯性，每一步都很详细，每一步都很重要，请耐心读完！！介绍 本系列文主要依据真实论文制图流程，详细说明制图过程， 其中包括： 1. 基因数据下载 2