R语言零基础基因/数据差异分析（一）

文章目录
介绍
环境搭建
软件下载
结果展示
基因数据下载流程
基因数据处理
利用GEO分析绘制拟火山图

注意，本 系列 有连贯性，每一步都很详细，每一步都很重要，请耐心读完！！
介绍
本系列文主要依据真实论文制图流程，详细说明制图过程，
其中包括：
1. 基因数据下载
2. 制图所需数据格式
3. 火山图制作流程
4. 聚类热图制作流程
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环境搭建
软件下载
移步至此学习

结果展示
基因数据处理

注意删除末行注释

基因数据下载流程
以GSE137578基因为例，先下载 如图所示文件，并解压如图。
1.
2.
3.新建一个excel,并将解压好的文本拖进去。

4.注意，打开后，此时我们需要对数据进行处理。

基因数据处理
1. 在以 ！开头的行，均是**注释行**，要全部删除，如图示，
2. 删除方法：选择好区域后，右键，删除整行即可
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删除之后：

注意，尾部图片选择的整行都要删除：

删除尾部结果：

对于上述数据，我们所需要数据结构模样如上。
注意，我们上述下载的是基因实验数据，它用于绘制热图，这在第三章会详细说明，这里点击另存CSV即可。

利用GEO分析绘制拟火山图
1.点击分析

2. 如图步骤，
1.按住 Shift 选择组别，
2.标记组别
3.如此选择完你的组别

3. 进行分析

4.注意下面我们要绘制的火山图模样，我们点击下载表格即可

4. 文件格式是 tsv，我们利用excel打开，注意，在绘制热图时，我们需要它，所以，请进行备份！
5. 在这里，我们只保留以下列，注意记住以下列的名字，这非常重要，它将决定代码是否成功运行！
保留的列头行名：

GB_ACC（这是基因名，每个文件有所不同，按己索需）
P.Value（这里改名为FDR）
logFC
adj.P.Val
你只要记住你要保留的每行头个单元名称即可，至于是什么，自己可决定。
我们如下整理，请将非数据列放到开头。

注意名称和另存格式

之后，我们将利用此绘制火山图。
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来源： https://www.cnblogs.com/zkwarrior/p/15970070.html