samtools

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fatal: unable to access 'https://github.com/samtools/htslib/': GnuTLS recv error (-54): Er

001、问题 root@ubuntu01:/home/software# git clone https://github.com/samtools/htslib Cloning into 'htslib'... fatal: unable to access 'https://github.com/samtools/htslib/': GnuTLS recv error (-54): Error in the pull function.

ATAC-seq实战代码

自己整理，测试完全可用。从直接下载数据到一般的出图 #!/usr/bin/bash #ly_20211215_atac-seq pepiline #从下载数据到分析出图的一般流程 ###################################### start_time=$(date +%s) #必要索引文件 bt2_index=/home/data/ssy49/data/index/mm10 #一些物种

Bam文件

Bam文件 2022-07-14 在处理NGS下机数据时，通常会涉及到比对结果的查看，这需要对比对后的文件比较熟悉，下流的分析模块也需要用到比对输出的结果文件。通常存储为Bam格式的文件，Bam格式是一种二进制存储文件，转化为文本格式后对应于Sam文件。Sam文件记录了reads比对后的结果信息。具体的

解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file

感谢：记得叫我写教程参考了他的解决方法！解决方法：https://blog.csdn.net/ET_April/article/details/111405941 今天使用samtools的时候突然就出现了这个问题： samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file 开始是

利用samtools对参考基因组构建索引fai文件

1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TA

Samtools报错解决方案【samtools: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared obj

辣鸡conda，总莫名其妙整出一些事故；之前在其他环境安装过Samtools，可以正常使用，但新建虚拟环境后重新安装，报以上错误；报错原因：未找到库文件libbz2.so.1.0；怀疑是conda安装samtools是跳过了这个库的安装【查看之前可以正常使用的samtools版本，和现在安装的版本不同】；解决方案：将软件所需

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程，以供日后查阅；同时分享在平台，如果能帮助到更多初学者，小编将不甚荣幸，如有谬误也希

linux下samtools安装

首先下载安装包并解压： wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 tar -xzvf samtools-1.9.tar.bz2 进入samtools文件夹： cd samtools-1.9 安装： ./configure make sudo make install 如果是非root用户： ./configure --prefix=/

BGI-College生信入门2——什么是数据？

从直觉上看，数据貌似很好理解，但真正要说清楚数据这个词却有点困难。想一想，数据到底是什么呢？数据的定义实际上包含两方面内容，即信息的符号和设计。其中信息的设计，也就是数据的格式，决定了读者从中获取有效信息的难易程度。人们经常忽略的一个事实——数据的格式和数据本身同等

conda安装samtools

参考文档： link1写的很棒 link2 error： samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory 通过ldd查看samtools依赖了哪些工具。 $ ldd `which samtools` linux-vdso.so.1 => (0x0000

实验记录 | samtools的安装

由于canda直接安装samtools执行失败，本次选择手动编译安装最新版的samtools。 1。下载samtools安装包。官网下载链接：https://github.com/samtools/samtools/releases/tag/1.12 点击蓝色字体链接，下载tar.bz2格式的文件，源文件并不是很全。下载完成之后，将其保存在指定目录下，打

linux下无root源码安装软件

先进入源码文件夹下指定安装路径　　./configure --prefix=/public/home/ztu/usr/samtools 编译 make 安装 make install 写入环境变量 vim ～/.bashrc 键入： export PATH=$PATH:/public/home/ztu/usr/samtools/bin/ wq保存更改退出vim 再激活： source .bashrc 正

CentOS 7 上CNVnator安装

1、到github上下载最新版本 https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases 2、先看INSTALL文件，要求以下依赖，我的机器上已经安装了前两个，所以直接跳过，这里我就不提了 GNU make C compiler (e.g. gcc or clang) CERN ROOT (https://root.cern.ch) samtools with HTSli

生信软件安装

软件安装 wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 bunzip2 samtools-1.9.tar.bz2 tar -xvf samtools-1.9.tar cd samtools-1.9 sudo apt-get install libbz2-dev sudo apt-get install zlib1g-dev apt-get install -y libl

picard

Picard CreateSequenceDictionary creates .dict file and samtools faidx creates a .fai file. Both are needed for GATK datebwa index t1.fa 2>t1.bwa.index.log && echo "bwa_indexs built"samtools faidx t1.fa 2>t1.samtools.faidx.log &

Patchwork（2013年）--CNV检测方法流程

文章题目：Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue 特点：可以检测配对样本，也可以检测带reference的tumor样本。但是没有考虑肿瘤异质性问题。使用DNAcopy包的CBS分割，control-freec的GC校正方法。bin size=200bp。 http://patchwork