CentOS 7 上CNVnator安装

1、到github上下载最新版本

https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases

2、先看INSTALL文件，要求以下依赖，我的机器上已经安装了前两个，所以直接跳过，这里我就不提了

GNU make
C compiler (e.g. gcc or clang)
CERN ROOT (https://root.cern.ch)
samtools with HTSlib
GNU readline library

3、先编译samtools和htslib，因为需要用的samtools中的一些 .h 的文件，因此需要下载包含源文件的samtools，下载链接：

http://www.htslib.org/download/  ，此时我下载的是 1.9 ，下载之后放到一个目录下，

解压

有文章说编译samtools之前一定要确定安装 ncurses* ，这个我也不确定是不是必须的，反正我安装了下：

参考：https://www.codetd.com/article/6237849

yum -y install ncurses*

然后开始安装samtools ， make ，如果没有Makefile 文件，则先编译 ./configure 

然后 cd  htslib-1.9

make ，如果没有Makefile 文件，则先 ./configure 

很重要的一步，把samtools目录 软连接到CNVnator解压后的src目录中

ln -s /path/to/samtools samtools

samtools安装好之后的目录内容如下：

4、安装ROOT ，下载链接：https://root.cern.ch/content/release-61800 ，我下载的是这个：

我习惯按照如下目录结构存放软件，6.18.00是解压后的文件夹重命名的（以版本号命名，方便之后区分版本），平级目录创建一个build文件夹

/share/biosoft/root_software_toolkit/
├── 6.18.00
└── build

进入build 文件夹

cmake ../6.18.00

cmake --build .       ## 这一步时间有些长，可以回家前执行上，第二天再继续后边的操作

完事之后，将 build/bin 添加到环境变量中，将 build/lib 添加到 LD_LIBRARY_PATH ，直接执行这个就可以了：

. build/bin/thisroot.sh

然后可以输入 root ，检查是不是安装正常了，如下图表示成功：

5、安装 GNU readline library

yum install readline-devel

开始安装CNVnator ，

cd CNVnator_v0.4.1/src

make  如果报错，就执行：make LIBS="-lcrypto"

出现cnvnator 这个可执行文件，说明安装成功啦！

 

注意：前边编译包的时候可能提示缺少 fftw-devel ，libxml2-devel ，都用 yum 安装即可

参考的其他文章：

http://seqanswers.com/forums/archive/index.php/t-16665.html

标签：samtools,CentOS,make,build,安装,下载,CNVnator
来源： https://www.cnblogs.com/afeiyuanda/p/11394740.html