Samtools报错解决方案【samtools: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared obj

辣鸡conda，总莫名其妙整出一些事故；之前在其他环境安装过Samtools，可以正常使用，但新建虚拟环境后重新安装，报以上错误；

报错原因：未找到库文件libbz2.so.1.0；怀疑是conda安装samtools是跳过了这个库的安装【查看之前可以正常使用的samtools版本，和现在安装的版本不同】；

解决方案：将软件所需要的库文件放到虚拟环境的lib目录下【本人之前在conda其他虚拟环境安装过软件，所以我的环境中存在libbz2.so.0.1这个库文件（见下面操作步骤），我觉得从任何地方把这玩意复制过来应该都可以解决问题】；理论上其他库文件丢失可以以同样方式解决。

1.查找conda内其他地方是否有libbz2.so.1.0库

1 find /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3 -name libbz2*

　　可以看到在conda中存在这样的库，虽然版本不同，但问题应该不大，因为报错是指定版本，但复制后直接进行软连接就行

2.将库文件复制一份到虚拟环境下的lib文件夹，并软连接

1 cd /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3/envs/chipseq/lib
2 cp /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3/pkgs/bzip2-1.0.8-h7f98852_4/lib/libbz2.so.1.0.8 ./
3 ln -s libbz2.so.1.0.8 libbz2.so.1.0
4 ll libbz*

3.重新尝试运行samtools

1 samtools --help

标签：samtools,libbz2,lib,so.1,虚拟环境,conda,file,shared,报错
来源： https://www.cnblogs.com/sqsgoodluck/p/16098957.html