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提取基因的特定外显子exon的碱基序列 | NCBI
主要是可变剪切分析的实验验证需要用到具体的碱基序列，如果工具使用不熟还是挺烦的，容易搞错或者放大工作量。 最简单的方法： 以PKM为例，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5315 click "Tools" - "Sequence Text View" 然后就可以看到非常清晰准确的exon及其氨基酸序PTBP1 | Polypyrimidine Tract Binding Protein | 聚嘧啶区结合蛋白 | 关键调控因子
类似之前的EZH2和HDAC1 目的：找PTBP1的target exon（gene） 这个没有生信的办法了，只能根据现有的数据库来找。 Google PTBP1 direct target exon De Novo Prediction of PTBP1 Binding and Splicing Targets Reveals Unexpected Features of Its RNA Recognition and Function可变剪切可视化 | isoform
根据bulk RNA-seq或者single-cell RNA-seq来找isoform的类型。 难点：二代NGS的reads长度较短，可能无法成功组装出full-length的isoform。 我们只需要关注junction read，基数即可。 junction read：在成熟mRNA中，测序的reads如果同时跨越了两个exon，则为junction read。 如何提取