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可变剪切可视化 | isoform

作者:互联网

根据bulk RNA-seq或者single-cell RNA-seq来找isoform的类型。

 

难点:二代NGS的reads长度较短,可能无法成功组装出full-length的isoform。

 

我们只需要关注junction read,基数即可。

 

junction read:在成熟mRNA中,测序的reads如果同时跨越了两个exon,则为junction read。

如何提取出junction read?

 

/home/lizhixin/softwares/regtools/build/regtools junctions extract -r chr19:797075-812327 -s 0 UE.bam

  

自己写一个程序吧,用bedtools coverage这个功能。

bedtools coverage -a regions.bed -b reads.bam

  

spliceGraph

 

核心就是count reads,同时比对到两个点上。【这个不难,但是并不能说明问题】

samtools view -u -@ 2 UE.bam chr19:803636-803636 | less -S

  

 必须鉴定出拼接两个exon的read,这样的才是有意义的证据,单纯的连接的数据并不实用【中间可能插入了很多个exon,连接≠拼接】。

 

cat gencode.v27.annotation.gtf | grep "\"PKM\"" | awk '{if($3=="exon")print $0}' > PKM.txt

  

 

samtools view -b -@ 2 23c9.bam chr19:797075-812327 > PTBP1.23c9.bam

  

 

参考:

Question: Count Junctions In A Sam/Bam File

junctions extract - RegTools

Question: How Many Reads In A Bam File Are Aligned To a Specific Region

 

标签:剪切,junction,read,isoform,reads,可视化,exon,chr19,bam
来源: https://www.cnblogs.com/leezx/p/14355867.html