首页 > TAG信息列表 > bed
【实验记录】9月9日-9月11日
今天的计划就是说，我要把这块自己给自己弄出来点东西来。 希望在汇报前能够完成的事情： (1) 我要弄明白为什么在基因和表观组层面存在那么多的不一样。 (2) 希望把gwas的结果弄出来。 (3) 找到一些候选的感兴趣的片段，并被各方面的数据认真地证实。 你要认真，你要靠自己，你要专注，你要自第一题
# 窗口拆分 test.bed 需要修改bedtools makewindows -g test.bed -w 100000 -s 100000 >> 100k_window.bed# tumor coverage countbedtools coverage -a 100k_window.bed -b tumor.bam > tumor.counts.txt# normal coverage countbedtools coverage -a 100k_window.bed -【实验记录】8月25日
ls /home/xxzhang/data/Epigenome/cistrome/human_histone_mark/named_sort/ |grep 'Fetal' |xargs -I {} mv /home/xxzhang/data/Epigenome/cist ome/human_histone_mark/named_sort/{} ./ 这里的话，就是批量的把fetal的样本拿了出来。如下图所示。 ls ./ |grep "H3K4me3_" |xarBam文件位点深度统计
Bam文件位点深度统计 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-08-02 15:51:05 星期二 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Bam_depth.html 一、samtools depth samtools depth -aa -b test.bed test.bam [--reference reference.fa] 二、pileup 三、【实验记录】2022年7月20日-7月22日
今日目标：（1）阅读文献：GIGGLE；（2）将其应用到cistromDB转录因子的那套数据中； 一、文献整理 1、GIGGLE用以解决什么问题？ 结合已有的表观组的数据，如open chromatin,enhancers和transcribed regions,对我们感兴趣的基因组位点进行注释。 2、GIGGLE的优势： （1）检索的速度快；（2）对结果进行排名，找到最linux shell实现 GWAS显著性区域的合并
001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls record.sh region.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# wc -l region.bed ## 测试数据 1058 region.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# head -n 5 region.bed ## 测试数据 Chr1 1560051 1570051 3.6112E-10 Ch生信分析常用代码总结
循环 while 循环处理文件夹下系列文本，并更改名字。 find <dir_name> -maxdepth 1 -name '*.bed' -user "$USER" | while IFS='' read -r id do sortBed -i "${id}" > "$(basename -s .bed "$id")_sort.bed" echo "$(b复杂又高效的SQL
update hd_mach_usage_rec djoin ( select us.id,us.turn_off_time,us.hd_mach_id,us.fk_bed_area_id,us.fk_bed_id ,md.in_end_time,md.fk_dr_id,dr.end_time from hd_mach_usage_rec us inner JOIN (SELECT fk_dr_id,hd_mach_id,fk_b报错Error: Sorted input specified, but the file file.bedgraph has the following out of order record解决方
跑命令时python mountainClimberTU.py -b file.bedgraph -j SRRT.bed -s 0 -g hg38.chrom.sizes -o SRR950078_tu.bed 时出现报错: Error: Sorted input specified, but the file file.bedgraph has the following out of order record chr10 12146 12163 1 把所有的基因UCSC浏览器的可视化
引言在生信的研究过程中，数据的展示往往是非常重要的一步，而选择以哪种方式展示更是令人头疼。在这里，我们介绍UCSC浏览器中实现可视化的过程，可以在参考基因组上展示出数据的信息，如感兴趣的基因附近的甲基化值、表达值或差异的区域等，当然更重要的是方便自己对数据的了解。1 创建一Marlin 1.1.4 Confuguration.h 汉化 翻译
Marlin 1.1.4 Confuguration.h 汉化 翻译 /** Marlin 3D Printer FirmwareCopyright © 2016 MarlinFirmware [https://github.com/MarlinFirmware/Marlin]Based on Sprinter and grbl.Copyright © 2011 Camiel Gubbels / Erik van der Zalm *此程序是免费软件：您可以重新分Oracle中的索引详解
一、 ROWID的概念 存储了row在数据文件中的具体位置：64位 编码的数据，A-Z, a-z, 0-9, +, 和 /， row在数据块中的存储方式 SELECT ROWID, last_name FROM hr.employees WHERE department_id = 20; 比 如：OOOOOOFFFBBBBBBRRR OOOOOO：data object number, 对应dba_objects.data_object_id生信文件格式-BED文件
BED文件格式 注释文件就是基因组的说明书。告诉我们哪些序列是编码蛋白的基因，哪些是非编码基因，外显子、内含子、UTR等的位置等等。注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供，比如Ensemble、NCBI 、UCSC。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode数据库。 基bedtools 用法大全
原文：https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言： bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本数据库设计：医院的手术床位数据表如何设计
数据库设计：医院的手术床位数据表如何设计 现在在做一个医院的项目，需求如下：每天有五张病床可以做手术（护士有权利临时修改某一天的床位数量），患者添加基本信息后查看可以预约手术的日期，护士选择日期并添加预约，数据库中生成记录。在此期间，护士可以修改日期或取消预约。我设计了两张五花八门的统计质量值的软件
1.bamdst -- a BAM Depth Stat Tool 对bam文件进行统计 安装bamdst https://github.com/shiquan/bamdst git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git cd bamdst make make后直接help后，查看用法，有时候可能会提示bamdst不存在，本来已经存在了，还会这样报错。把其路径加