Bam文件位点深度统计

本文作者：Sunny-King

发布时间：2022-08-02 15:51:05 星期二

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一、samtools depth

samtools depth -aa -b test.bed test.bam [--reference reference.fa]

二、pileup

三、bamdst

1、下载安装

git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git
cd bamdst/
make

2、使用示例

bamdst -p test.bed -o ./ test.bam

3、结果介绍

├── chromosomes.report			#
├── coverage.report				#
├── depth_distribution.plot		#
├── depth.tsv.gz				#
├── insertsize.plot				#
├── region.tsv.gz				#
└── uncover.bed					#

四、DepthOfCoverage （GATK）

DepthOfCoverage是GATK中的一个模块，用来统计一组bam文件的覆盖率。

1. 可以分析每个位点，每个区间，每个基因，或总体;
2. 可按样本、按读组、按技术、按中心或按文库进行分区;
3. 可以通过平均值、中位数、四分位数和/或覆盖到或超过阈值的碱基百分比进行总结。
4. 可以通过mapping quality或base quality进行过滤。

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
	-T DepthOfCoverage \
	-L test.bed\
	-o test\
	-I test.bam \
	-R reference.fa

结果

├── test											# 每个位置的coverage
├── test.sample_cumulative_coverage_counts			#
├── test.sample_cumulative_coverage_proportions		#
├── test.sample_interval_statistics					#
├── test.sample_interval_summary					#
├── test.sample_statistics							#
└── test.sample_summary								# 总数、平均值、中位数、四分位数和阈值比例

• DepthOfCoverage目前只支持经典的的核苷酸和N碱基，不能识别其他非ATCGN碱基。
• 计算覆盖率信息之前会先对数据进行过滤。默认情况下，Duplicate Marked和non-primary不计算在内。这可以通过--disable-tool-default-read-filters来禁用。

五、bedtools multicov

bedtools multicov -bed test.bed -bams test.bam

标签：bam,bamdst,bed,sample,depth,深度,test,Bam,位点
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