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计算机视觉中的注意力,第 2 部分:CBAM 和 BAM

计算机视觉中的注意力,第 2 部分:CBAM 和 BAM Photo by 亚当库尔 on 不飞溅 介绍 在本文中,将研究卷积块注意模块和瓶颈注意模块,这两种用于将挤压和激发式通道注意与空间注意相结合的同类方法。您可以找到本文的 GitHub 存储库 这里 . 卷积块注意模块 遵循基于注意力的网络,尤其是

Bam文件位点深度统计

Bam文件位点深度统计 本文作者:Sunny-King 发布时间:2022-08-02 15:51:05 星期二 本文链接:https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Bam_depth.html 一、samtools depth samtools depth -aa -b test.bed test.bam [--reference reference.fa] 二、pileup 三、

ATAC-seq实战代码

自己整理,测试完全可用。从直接下载数据到一般的出图 #!/usr/bin/bash #ly_20211215_atac-seq pepiline #从下载数据到分析出图的一般流程 ###################################### start_time=$(date +%s) #必要索引文件 bt2_index=/home/data/ssy49/data/index/mm10 #一些物种

Bam文件

Bam文件 2022-07-14 在处理NGS下机数据时,通常会涉及到比对结果的查看,这需要对比对后的文件比较熟悉,下流的分析模块也需要用到比对输出的结果文件。通常存储为Bam格式的文件,Bam格式是一种二进制存储文件,转化为文本格式后对应于Sam文件。Sam文件记录了reads比对后的结果信息。具体的

BAM: Bottleneck Attention Module

BAM: Bottleneck Attention Module GitHub - Jongchan/attention-module: Official PyTorch code for "BAM: Bottleneck Attention Module (BMVC2018)" and "CBAM: Convolutional Block Attention Module (ECCV2018)" Given a 3D feature map, BAM produ

HiC-Pro mergeSAM.py报错

报错信息 Forward and reverse reads not paired. Check that BAM files have the same read names and are sorted. 分析 提示是没有排序或者R1、R2没有配对,手动sort再分步运行HiC-Pro samtools sort -@ 10 -n -m 10G -T temp1 xxxR1.bam > xxxR1.sort.bam samtools sort -@ 10

2021-10-27【WGS】|Pacbio三代甲基化修饰流程

目录 摘要方法与工具操作流程组装比对注释 结果展示basemodsmotif 总结 摘要 前段时间特别忙,一个是项目多,另一个是个人私事,临近月底终于有空可以继续码文章。本篇介绍的是三代甲基化的基本流程分析。在测序时分析序列的甲基化修饰后,使用SMRT官方工具进行分析,得到m4C,m6A,

snakmake 小练习

最近在学习snakemake 用于生信流程管理,现在用一个snakemake 来完成小任务:将在某一文件夹下的多个bam文件截取一部分,然后建立索引,在提取出fastq序列,最后比对回基因组。 需要两个文件,一个配置文件config.yaml和snakemake文件。   config.yaml 文件内容用空格分隔,主要是要用到的软

Bam文件去重复

RNA-seq一般不去重复 ChIP-seq一般去重复 call SNP一般去重复 还需参考起始量和PCR扩增数判断是否去重复。reads mapping覆盖均匀度可以判断是否需要去重复。 PCR去重工具首选Picard 根源上解决去重复问题:起始量高,循环数少,reads能长不短,能双端不单端 PCR重复的危害 理论

gatk UnifiedGenotyper

使用 UnifiedGenotyper注意如下:(1) 输入:.recalibration.bam(2)输入:.recalibration.bai(3)dbSNP: vcfdbsnp,有头部;有与DNA一样的染色体顺序;有idx文件;UnifiedGenotyper Unable to read index file, for input source: vcf.idxSorry for the delayed response. It turns out that this is a

python读取bam文件

1、读取fasta文件: (1)方法1:Bio库 from Bio import SeqIO # 读取包含单个序列 Fasta 格式文件 fa_seq = SeqIO.read("res/sequence1.fasta", "fasta") seq = str(fa_seq.seq) # 一个多序列文件中的所有序列 seqs = [fa.seq for fa in SeqIO.parse("res/multi.fasta", "f

2021.7.31zyy chipseq

#!/bin/bash # 上面一行宣告这个script的语法使用bash语法,当程序被执行时,能够载入bash的相关环境配置文件。 # Program # This program is used for ChIP-seq data analysis. # History # 2020/11/13 zexing First release # 设置变量${dir}为常用目录

snakemake教程-03额外特征

文章目录 额外的特征1. Benchmarking(基准测试)2. Modularization(模块化)3.Automatic deployment of software dependencies(自动部署软件依赖项)4. Tool wrappers(工具包装)5. Cluster execution6. Using –cluster-status7.Constraining wildcards 参考: https://snakemake.

snakemake教程-02进阶部分

文章目录 进阶部分:对案例进行进一步修饰Step 1: Specifying the number of used threadsStep 2: Config filesStep 3: Input functionsStep 4: Rule parametersStep 5: LoggingStep 6: Temporary and protected files练习Summary 参考:https://snakemake.readthedocs.i

注意力机制BAM和CBAM详细解析(附代码)

论文题目①:BAM: Bottleneck Attention Module 论文题目②:CBAM:CBAM: Convolutional Block Attention Module Bottlenet attention Module(BAM) 依据 人看东西时不可能把注意力放在所有的图像上,会把焦点目光聚集在图像的重要物体上。因此,作者提出了BAM注意力机制,仿照人的眼睛聚焦在

bam/sam 文件格式详解

sam/bam 是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。通常是把FASTQ文件格式的测序数据比对到对应的参考基因组版本得到的。 header 部分 sam 分为两部分,注释信息(header sect

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

目录流程使用问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记。 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组、转录组、蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用

BorderDet|提取Bounding Box边界特征进一步优化检测结果

跟大家分享ECCV2020中的一篇文章《BorderDet: Border Feature for Dense Object Detection》。 论文下载地址:https://arxiv.org/abs/2007.11056 源码地址:https://github.com/Megvii-BaseDetection/BorderDet 在这篇文章中,作者提出了BAM(Border Alignment Module),将其融入到FCO

WES数据如何判断性别?

在分析全外数据的时候,无论是在样本鉴定还是CNV分析的过程中,都需要对样本进行性别判断,那么我们如何对WES数据进行性别判断那? 一、性别判断思路 对于WES数据,个人认为性别判断主要有三个思路: 1、根据Y/X染色体的reads比,这个最好理解,男性的Y/X染色体的reads比会显著大于女性的; 2

实验记录 | samtools的安装

由于canda直接安装samtools执行失败,本次选择手动编译安装最新版的samtools。 1。下载samtools安装包。 官网下载链接:https://github.com/samtools/samtools/releases/tag/1.12 点击蓝色字体链接,下载tar.bz2格式的文件,源文件并不是很全。 下载完成之后,将其保存在指定目录下,打

操作记录-2021-03-15: sunxiaoyu_project

1、数据处理记录 【1】使用网页另存为将数据文件保存至本地电脑后,上传至服务器中 【2】利用SRAtoolkits中的fastq-dump命令,将SRA数据转换为fastq格式 #命令如下: (base) zexing@DNA:~/projects/sunxiaoyu/RNA_seq/2021_03_15/clean_data$ fastq-dump --split-e SRR11906971 SR

生信过程中的各种文件格式

生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来

可变剪切可视化 | isoform

根据bulk RNA-seq或者single-cell RNA-seq来找isoform的类型。   难点:二代NGS的reads长度较短,可能无法成功组装出full-length的isoform。   我们只需要关注junction read,基数即可。   junction read:在成熟mRNA中,测序的reads如果同时跨越了两个exon,则为junction read。 如何提取

BAM进入新赛段,智能音箱何去何从?

智能音箱行业重新热闹了起来。 一面是针对行业的质疑声,2020年国内智能音箱市场上并未出现所谓的“报复性”消费,以至于有人猜测智能音箱或将成为历史的陈列品; 一面是挑战者的陆续出现,海尔、美的等家电厂商纷纷进场,将智能音箱与自家的家电产品联动,试图以此来捍卫在白电市场的话

cv中的注意力机制论文:CBAM and BAM 阅读理解

BAM: https://blog.csdn.net/xiewenrui1996/article/details/105760359 Abstract 我们提出了卷积-块-注意力-模块(CBAM),这是一种用于前馈卷积神经网络的简单而有效的注意力模块。 给定一个中间特征图,我们的模块会沿着两个独立的维度(通道和空间)依次推断注意力图,然后将注意力图与