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生信分析常用代码总结

循环 while 循环处理文件夹下系列文本，并更改名字。 find <dir_name> -maxdepth 1 -name '*.bed' -user "$USER" | while IFS='' read -r id do sortBed -i "${id}" > "$(basename -s .bed "$id")_sort.bed" echo "$(b

【生信】统计学基础知识

【生信】统计学基础知识 本文图片来源网络或学术论文，文字部分来源网络与学术论文，仅供学习使用。 本文参考统计学知识大梳理_lovenankai的专栏-CSDN博客 目录 【生信】统计学基础知识 1、首先建立思维模式 2、如何处理“一维”数据  小结——对于“一维”数据进行统计学方法分析

生信实验四

1.导入数据 setwd('D:/陈思杰/大创/稳定对') library('GEOquery') rm(list = ls()) ##数据导入 data=getGEO('GSE113486',destdir='.')[[1]] info=pData(data) #标签信息：癌症分类信息在第36列 info=as.character(info[,36]) exp=exprs(data) #表达谱矩阵 miRNA=data@fe

【生信分析】生物分子网络构建基础——单调动力系统

单调动力系统 单调动力系统1. 单调动力系统基础2. 单调动力系统的动态与分解参考资料 单调动力系统 在生物系统中，通过化学动力学原理所建立的生物网络数学模型往往具有一些特定数学性质，尤其是生物调控网络。动力系统理论上把这类系统称为单调动力系统。 1. 单调动力系统

BGI-College生信入门2——什么是数据？

从直觉上看，数据貌似很好理解，但真正要说清楚数据这个词却有点困难。 想一想，数据到底是什么呢？ 数据的定义实际上包含两方面内容，即信息的符号和设计。 其中信息的设计，也就是数据的格式，决定了读者从中获取有效信息的难易程度。 人们经常忽略的一个事实——数据的格式和数据本身同等

【生信分析】生物分子网络构建基础——酶动力学

生物分子网络构建基础——酶动力学 0. 引言1. Michaelis-Menten法则2. 模型改进（可逆的催化反应）3. 参数意义4. K m

win11生信环境搭建之linux

在微软商店下载ubuntu20.04LTS微软商店下载windows Termunal打开windows Termunal更改下载源因为需要运行32位包，在ubuntu20.04LTS的终端进入sudo su,然后 dpkg --print-architecture sudo dpkg --add-architecture i386 && sudo apt update apt-get install lib32z1 lib32ncu

“生信札记”公众号 30,000+ 人订阅

写在前面 今天周日，2021年06月06日，想想是个好日子。我个人独立运营的“生信札记”微信公众号事实上，早就达成 3万 人关注的小目标。一直没有就这个事件写过一个推文。主要原因似乎是有其他推送安排，有冲突。当然真实原因是，我太懒。既然是周末，就还是休息一下，写一个跟学习、工作没

生信 cookbook (持续更新)

目录1. 如何对 fastq 数据进行过滤？2. 如何使用 bwa mem 生成 bam3. 如何对 bam 文件统计平均深度、覆盖度、捕获情况等信息4. GATK 最佳实践？5. 如何比较两个 vcf 的差异6. 如何查询 vcf 中突变7. 什么是 PED 文件8. 使用 vep 注释9. 如何进行转录组数据比对10. 如何计算基因表达量

RNA-seq | scRNA-seq | fancy分析工具

想要拔高生信paper level的必备分析 没有吃透这些工具，那作为生信人是不合格的！   GSEA 教程：Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) User Guide   变种 DGSEA ssGSEA     WGCNA   PPI   TF   inferCNV       待测试： GenePattern GSVA  

谁的青春不迷茫，农学研究生的十字路口

今天接到一个微信好友的询问，是关于研究生如何度过，将来找什么样的工作，是否读博士，哪个性价比更高…… 1. 朋友来信 邓飞学长，您好，向您问好。我是从您的知乎上来公众号关注您的。目前是一名**大学研一的研究生，课题与生信有些相关。因为农学行业就业难，我一直为自己打算的是，考

生信星球学习笔记DAY1-微微

生信星球学习笔记-DAY 1-微微 生信星球学习小组第100期今天开课啦，以下是生信小白第一次的学习笔记（有点儿小激动）： 怎样解决学习中遇到的问题 1.搜索 常用搜索引擎：谷歌、必应、虫部落快搜（新接触） 搜专业教程，推荐使用搜狗微信、搜狗知乎、简书、github 2.讨论 可与学习小组的小伙

生信过程中的各种文件格式

生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据fastq之外，还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来

生信软件安装之Java环境变量配置

生物信息分析软件很多是Java写的。软件在运行的时候就需要跨越不同底层操作系统（Windows/Mac OS/Linux）调用硬件，Java虚拟机（JVM）就是这样一个可以实现跨平台的接口。JVM是通过JDK软件虚拟的，JDK的安装包可以通过Oracle官网直接下载。 就Windows而言，软件的视窗操作背后是给操作系统的指

生信人应该这样学linux

— / PART 1 / ———— Linux-0-生信入门环境 工欲善其事必先利其器，这一节课主要以Windows系统为例，介绍了用Linux编程之前需要下载并安装的软件：Xshell，git，markdown，Winscp，幕布以及notepad++。介绍了如何下载并安装R及R的操作软件Rstudio，在Rstudio里进行了简单的命令演示以及如何

[生信资源与实践】第一次上机-Linux基础命令&RNA_seq

linux 技巧 自动补全：在敲出 文件／目录／命令 的前几个字母之后，按下 tab 键 按 上／下 光标键可以在曾经使用过的命令之间来回切换 如果想要退出选择，并且不想执行当前选中的命令，可以按 ctrl + c 基础命令 命令 功能 man command 查阅 command 命令的使用手册，man 是 manual 的缩

生信软件工具-trim_galore

trim_galore 注意：软件工具一般会定期进行迭代更新，如果使用出现问题，请查看官方文档。 网址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 需先安装fastqc和cutadapt Trim galore简介 Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括

生信文件格式-BED文件

BED文件格式 注释文件就是基因组的说明书。告诉我们哪些序列是编码蛋白的基因，哪些是非编码基因，外显子、内含子、UTR等的位置等等。注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供，比如Ensemble、NCBI 、UCSC。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode数据库。 基

生信日记

1.激活微环境 source /data2/tianyao/biosoft/minicoda/miniconda/minicoda3/bin/activate python2