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bwa软件对参考基因组构建索引文件

  1、当参考基因组 大于2G时(约20亿个核苷酸,20,0000,0000):bwa index -a bwtsw  xxx.fa 小于2G时(约20亿个核苷酸,20,0000,0000):bwa index xxx.fa   2、统计参考基因组碱基数目 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42

利用picard对参考基因组构建dict文件

  1、方式1     root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# java -jar /home/software/picard/build/libs/picard.jar CreateSequenceDictionary R=Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.t

利用samtools对参考基因组构建索引fai文件

  1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TA