picard

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利用picard对参考基因组构建dict文件

1、方式1 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# java -jar /home/software/picard/build/libs/picard.jar CreateSequenceDictionary R=Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.t

linux下picard安装

上面四种都可以，我这次直接选择包装好的，第一种 wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/2.25.5/picard.jar java -jar picard.jar 出现下面界面，安装成功～ reference https://github.com/broadinstitute/picard/releases/tag/2.25.5

picard报错(Too many open files)

最近使用picard时出现如下报错，记录一下 java.io.FileNotFoundException: (Too many open files) 运行代码如下： java -jar picard.jar MarkDuplicates I=L-pool.A10.sort.rg.bam O=L-pool.A10.mark.dup.bam M=L-pool.A10.mark.dup.metrics VALIDATION_STRINGENCY=SILENT 解决办

interval的排序，合并，取样等功能

内容转自：https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.1.1/picard_util_IntervalListTools.php gatk IntervalListTools中合并的picard IntervalListTools的多个操作interval的功能。 1.合并两个interval lists java -jar picard.jar IntervalListTools