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利用auto dock软件做单个蛋白-小分子对接
今天的内容主要介绍小分子数据库与auto dock vina做单个蛋白-小分子对接的方法： 小分子数据库 ZINC小分子数据库是比较著名的小分子库，里面的小分子基本都可以买到，而且还能搜索与某小分子相似的其它小分子，功能强大，官网是：https://zinc.docking.org/ 当然还有很多其它小分子库，如pumc关于SailVina中蛋白质的下载与受体提取的使用介绍
一、蛋白质的批量下载 步骤1：进入PDB蛋白质结构数据库官网，点击PDB蛋白质结构数据库官网 图例： 步骤2：点击左侧Download选项，进入下载页面，或直接点击下载页面 图例： 步骤3：批量下载pdb文件 批量下载文件需按照指定格式在下载页面的输入框输入PDB的ID. 例如：4hhb,108d注意：ID之间以英Vina基于分子对接的虚拟筛选流程
Vina基于分子对接的虚拟筛选流程 1、对配体数据库进行处理，拆分成单一的pdbqt文件，用以下命令： (最好提前生成3D构象，否则用obabel转换速度很慢，–gen3d 是生成3D构象命令)，得到结果是按1,2,3,4顺序命名：用gedit打开pdbqt文件，里面第一行有记录化合物的名字， 2、然后我们再用以下命