Vina基于分子对接的虚拟筛选流程

Vina基于分子对接的虚拟筛选流程

1、对配体数据库进行处理，拆分成单一的pdbqt文件，用以下命令：

(最好提前生成3D构象，否则用obabel转换速度很慢，–gen3d 是生成3D构象命令)，得到结果是按1,2,3,4顺序命名：用gedit打开pdbqt文件，里面第一行有记录化合物的名字，

2、然后我们再用以下命令把得到的pdbqt按照分子名字重命名：

3、 将重命名后的pdbqt剪切到文件夹pdbqt中，用以下命令：

4、把对接受体文件用ADT4.2处理好cp到pdbqt文件夹中，把vina运行程序cp到pdbqt文件夹中，设置对接参数文件conf.txt,完毕，用以下命令进行批量对接：

5、对接完成后，根据化合物名称依次创建文件夹，然后用以下命令提取每个文件夹里的pdbqt文件到新的pdbqt_results文件夹下：

6、然后再用以下命令提取最好的打分，

7、用以下命令进行处理，排序等，

8、对于重复3次的结果按照$1中化合物名字相同进行自动匹配，用以下命令：

9、将匹配后的txt文件导入excel中，用ABS求差的绝对值，再保存成新的txt文件，
10、若需提取差的绝对值小于X的化合物，用以下命令：

标签：文件,以下,Vina,对接,pdbqt,命令,文件夹,筛选
来源： https://blog.csdn.net/boqiang531/article/details/111837742