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初探RNA | RNA分类 | miRNA | lncRNA
基本问题： RNA的起源、定位和意义 明确RNA的各种概念分类 各种RNA的基本结构和功能 意义 有一种学说：RNA是生命的起源。 先有鸡（DNA）还是先有蛋（蛋白质），好像都不太可能，那有没有可能先有RNA？桥接了DNA和蛋白质，RNA本身也是一种酶。 分类 首先按是否coding，分coding RNA和non-codingNature Cancer | 宋尔卫/苏士成团队揭示lncRNA调控巨噬细胞“双刃剑”作用新机制
巨噬细胞 (macrophage, Mϕ) 是先天免疫系统中重要的免疫细胞，也是血液、淋巴和所有哺乳动物组织类型中最常见的吞噬细胞，具有极强的功能多样性。其中，肿瘤微环境组织中存在的巨噬细胞也被称作肿瘤相关巨噬细胞 (tumor-associated macrophages, TAMs)。一般来说，在不同生理病理因素microRNA研究的几种新模式……
关于microRNA，我们前期已经写了好多文章，大家可以从这篇文章中看到：开始准备国科金了，我们推荐过哪些热点？。关于microRNA，大家最常说的就是microRNA研究已经过时了，现在要做lncRNA、circRNA，今天我们就来看一看是不是这样。大家为什么说microRNA研究过时了？microRNA研究时间相对比较长（10年+Cell杂志背靠背的两篇文章：看不同研究团队，研究同样主题，有什么区别？
今天我们来看Cell杂志上的背靠背研究的两篇文章：两篇文章都发表在2018年7月26日的Cell主刊杂志上，两篇文章的研究方向和分子基本相同，研究团队分别是加拿大Princess Margaret Cancer Center（Risk文）和芬兰的University of Oulu的科学家（Biology文）。从研究主题来看，Risk文主题包括了：前列腺小数据撬动大基金，“黄金”数据库大盘点
不得不感慨，现代信息技术造就的海量数据给了我们许多便利，越来越多的医学研究项目认识到数据的力量，将重心转移到数据上来。已发表数据可以利用起来，做新的分析挖掘，找出事物之间未曾发现的关联；或者整合零散的信息建立新的数据库；或开发新的算法，成为更有力的数据分析工具。这不，2017年国自小数据撬动大基金，“黄金”数据库大盘点
不得不感慨，现代信息技术造就的海量数据给了我们许多便利，越来越多的医学研究项目认识到数据的力量，将重心转移到数据上来。已发表数据可以利用起来，做新的分析挖掘，找出事物之间未曾发现的关联；或者整合零散的信息建立新的数据库；或开发新的算法，成为更有力的数据分析工具。这不，2017年国自干货 | StarBase中miRNA与其他非编码RNA的互作检索
老实讲，我现在觉得mRNA头上有片大草原......上期给大家介绍了用starBase研究miRNA与mRNA之间的interaction （点这里可看），这期给大家介绍用它来寻找miRNA与包括lncRNA、circRNA、sncRNA、假基因在内的非编码RNA之间的interaction。进入网站 http://starbase.sysu.edu.cn/index.php 后又一国产高分数据库，堪称lncRNA神器
想找lncRNA的差异表达和预后？看过来！之前我们介绍了好用的CRN数据库，可以在线分析差异表达lncRNA并绘制与差异mRNA联系的网络图。那么有没有能直接出lncRNA与预后相关的生存曲线图的工具呢？答案当然是有的！这次我们就一起来看一下这个数据库！lnCAR数据库（https://lncar.renlab.org/）是由中这个宝藏网站，能让所有肿瘤lncRNA的研究者尖叫！
又一挖掘lncRNA信息的宝藏网站。RNA测序（RNA-Seq）技术是近年来发展和应用迅速的二代测序技术，它促进了基因研究，并被应用于多种癌症研究，为研究选择性剪接和量化基因/亚型表达水平提供了革命性的工具。基于RNA-Seq的结果我们可以挖掘很多的信息，RNA-Seq-Nexus（CRN）数据库就能帮我们在线实现全基因组分析揭示长非编码RNA的差异表观特征模式
摘要高等生物转录组的主要部分包括广泛的长非编码RNA（lncRNA），具有细胞类型和发育阶段表达特异性。虽然lncRNAs是表观遗传基因表达调控的组成之一，但是lncRNA本身的表观遗传调节仍然知之甚少。在此，本文分析了四种不同细胞类型和代表不同细胞阶段的三种不同GAERF: predicting lncRNA-disease associations by graph auto-encoder and random forest（通过图自动编码器和随机森林）
GAERF: predicting lncRNA-disease associations by graph auto-encoder and random forest（通过图自动编码器和随机森林预测lncRNA-疾病的关联）是2021年才接收的论文，由安徽大学郑老师组的发表在Briefings in Bioinformatics上 文章目录 摘要一、Introduction二、Materials