microRNA研究的几种新模式……
作者:互联网
关于microRNA,我们前期已经写了好多文章,大家可以从这篇文章中看到:
开始准备国科金了,我们推荐过哪些热点?。关于microRNA,大家最常说的就是microRNA研究已经过时了,现在要做lncRNA、circRNA,今天我们就来看一看是不是这样。
大家为什么说microRNA研究过时了?
microRNA研究时间相对比较长(10年+),所以基本上以常见(疾病)主题的microRNA研究一抓一大把;
由于microRNA的作用机制相对比较单一,microRNA的研究套路太固定,不像lncRNA可以玩出各种花样来;
第一点没话说,第二点其实小张是不太认同的。
在microRNA的“经典”研究套路中,一般是这样:先做microRNA的细胞功能,然后做分子机制,而分子机制又包括四部分:生物信息学预测(通过Targetscan预测microRNA靶基因),表达相关性(检测microRNA与靶基因表达并确定其表达负相关),功能回复(单因素和多因素,表型和表达挽救)以及荧光素酶报告基因实验。
因为这种文章太多,所以大家觉得也没有新意了,不过是换个microRNA、换个靶基因、换个功能,又是一篇文章了, 而且文章分数在3分左右,大家看看了解套路就可。
下面小张要说的是:microRNA研究也能玩出很多花样来的,我们通过文章看高手们是怎么玩的。
一、多条microRNA
不再只研究一条microRNA了,来个3-5条,这几条microRNA通过调控共同的靶基因或者信号通路发挥功能,说不定这几条还能发挥协同作用,或者选microRNA簇(cluster)为单位进行研究。
microRNA cluster是指基因组位置上比较靠近(比如1Kb)的一些microRNA。最常见的就是mir-17-92簇:
关于microRNA cluster,我们可以通过mirbase进行查询(mirbase:http://www.mirbase.org/)
检索结果:
以microRNA Cluster为主题的研究文章很多,大家可以看这四篇:
最后一篇Immunity说的是microRNA-183-96-182 cluster通过下调转录因子Foxo1表达增加Th17细胞致病性。
都是最新的高分文章,大家可以结合基金找找思路。
二、microRNA本身表达异常
这里可以考虑的因素就很多了,比如:
1) microRNA的转录过程
比如某个转录因子或者信号通路对microRNA前体产生的调控,或者microRNA启动子本身的甲基化:基因启动子有DNA甲基化修饰,同样microRNA也有,而且也会影响转录。因此microRNA甲基化也是一个可以考虑的方向。
比如下面这两篇最新文章研究就是microRNA甲基化分别与肿瘤敏感性和脂肪形成的关系:
还可以考虑对microRNA成熟过程中的各种关键分子的影响,
比如九月份这篇NCB的文章就是研究的通过改造后的RNA结合蛋白Rbfox通过与miR-21前体pre-miR-21结合,并抑制DICER酶和Drosha酶处理pre-miR-21产生miR-21。
当然,如果与lncRNA结合,除了lncRNA作为microRNA的sponge海绵,还可以考虑lncRNA作为microRNA的前体(precursor),比如这篇9月份的MCB文章,研究的就是lncRNA H19作为microRNA-675的前体与RNA结合蛋白HuR结合并调控常表皮屏障功能。
三、 microRNA的转运和定位
我们知道microRNA从细胞核内转录,经过Drosha和DICER酶的剪接,从pri-miRNA到premiRNA再到miRNA成熟体,microRNA定位上从细胞核到胞浆,这个过程就是microRNA的转运定位。
下面这两篇高分文章就是研究的这个过程:
第二篇Cancer Cell研究的就是ERk通过磷酸化Exportin-5这个蛋白导致microRNA表达全局性的下调:
当然,关于microRNA的定位,我们还有一个方向:外泌体介导的microRNA外排到胞外,即通过外泌体这个途径microRNA在细胞间发挥功能,比如今年3月份的这篇文章:
说的就是基质细胞通过外泌体将microRNA-21传递给卵巢癌细胞,调控APAF1表达导致紫杉醇耐药,这篇文章我们写过:
标签:lncRNA,microRNA,研究,模式,几种,文章,表达,21 来源: https://blog.51cto.com/u_15127646/2780989