gff

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python中从gff文件提取指定基因信息

1、测试数据下载：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz 2、 [root@PC1 test2]# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz [root@PC1 test2]# gunzip

基因组共线性分析工具MCScanX

软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整，用于检测共线性和同线性区域，还增加了可视化和下游分析。。MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具。软件安装进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm，下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make

gff文件提取cds并对照

1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 6 my $gff = $ARGV[0];my %cut = &cut($gff); 7 8 my $gene_number = $ARGV[1];my $gene_id = $ARGV[2];my $gene_name = $ARGV[3];my $start = $ARGV[4];my $end = $ARGV[5]; 9 10 foreach my $key_1(keys %cut

gff数据处理

Perl脚本练习通过数组和哈希引用读取存储复杂数据要求 gff文件，记录每个基因的名称、起始终止位置、染色体、转录本信息数据 #注释行分割：\t 9列：gff格式思路构建一个哈希，结构 my%gene = ( geneID => { 'location' => [chrs, start, end] 'transcripts' => [