软件简介

MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整，用于检测共线性和同线性区域，还增加了可视化和下游分析。。MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具。

软件安装

 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm，下载安装

1 unzip MCscanX.zip
2 cd MCScanX
3 make

 

 软件使用

•  所需要文件

　　　　 两个或多个物种的gff文件，蛋白序列（** 该软件最多能做5个物种的共线性）

• 第一步：构建索引，进行blastp比对

注意！这里是找at和vv两个基因组组内和组间的共线性,因为想同时知道物种内和物种间的共线性，所以在blast之前把at和vv的基因组facat到一起，既做database，又做query，如果只想知道组间的共线性，那么就任取一个基因组为database，另一个做query 注意！ 如果一个基因有多个转录本，只选择注释中的第一条

1 ## 合并
2 cat at.fa vv.fa >>all.fa
3 
4 ## 建库
5 makeblastdb -in all.fa -dbtype prot -out index/all -parse_seqids
6 
7 ## 比对
8 blastp -query all.fa -db index/all -out all.blast -evalue 1e-5 -num_threads 10 -outfmt 6 -num_alignments 5

• 第二步：构建gff文件 

MCscanX要求的gff文件和标准的gff文件不一样，它只有四列, 其中"sp#"的sp意味着你要用2个字母代表物种，#则表示是哪条染色体。而"gene"则要是你蛋白序列的基因名 注意：all.gff, all.blastp 前缀需要一样，并且在同一文件夹下

1 sp# gene    starting_position  ending_position

 根据物种的gff3文件利用awk 快速得到MCscanX要求的gff文件

• 第三步：MCScanX寻找共线性区块

1 MCScanX ./all

 

•  结果文件

 输出文件分为两个：

　　　　　　　　第一个是at_rice.collinearity， 记录着共线性区块(collinear blocks)

 

 

 

 

基因组共线性工具MCScanX使用说明

基因组共线性工具MCScanX使用说明

标签：共线性,文件,MCScanX,基因组,fa,gff
来源： https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p/12509939.html