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FastQC的安装与使用
FastQC的安装与使用 一、下载安装 1、准备工作---java环境 FastQC是一个java应用程序。为了运行它，需要您的系统安装合适的Java运行时环境。因此，在尝试运行FastQC之前，应该确保有一个合适的Java运行时环境。 $ java -version openjdk version "1.8.0_192" OpenJDK Runtime Environme【fastqe】有趣的表情包版fastqc
FASTQ with Emoji = FASTQEfastqc安装不上问题解决
问题： 使用conda 安装fastqc找不到包 解决：添加中科大anoconda源安装 结果：成功 conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels htlinux系统中while循环一次传入多个变量
1、测试数据 [root@centos79 test]# cat reads.list sample01 /home/test/sample01 /home/test/sample01_2.fq.gz sample02 /home/test/sample02 /home/test/sample02_2.fq.gz sample03 /home/test/sample03 /home/test/sample03_2.fq.gz sample04 /home/test/sample04 /home2021-05-12
宏基因组分析流程--Step1检查原始数据质量 详细内容见 微信公众号 【阿呆ForFun】 https://mp.weixin.qq.com/s/SrmgNw-R5Zh2x_iHtWo6PQ 涉及到的内容太多，所以阿呆这里每天整理一点，成一个小系列。后期有改进的地方会及时更新~ Step1: Fastqc 检查原始数据质量 Step2: TrimmomFastQC软件下载
ATAC-seq分析流程 FastQC软件的下载 进入fastqc官方网站，https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/在你的data目录下创建一个FastQC目录：mkdir FastQC.dir；进入这个目录：cd FastQC在该目录下执行下载命令：nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.acdebain中fastQC安装
debain中fastQC安装 下载网址： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc 1.点击下载 2.根据电脑系统选择下载软件 3.建立文件夹 登陆debain 输入： mkdir software 4.安装 输入:wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fast**FastQC下载安装**
FastQC下载安装 1.首先检查LINUX系统中是否存在perl语言，检查Java版本（如果两者都不存在要首先安装perl和java） 2.开始下载 1.1 mkdir toolszip #创建文件夹 1.2 cd toolzip #进入该文件 1.3 wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html #下载 fastq二代测序质量控制（FastQC）
【最近拿到了近1TB的全基因组测试数据，在数据分析之前，有必要对数据质量进行评价】在二代测序过程中，测序仪通过荧光成像读出每一个DNA或者RNA序列的碱基类型。在大量的阅读识别碱基过程中，难免会有各种各样的错误。所以，当我们拿到测序数据之后，不是急急忙忙地进行数据分析，而是首先应该计算生物学
计算生物学ex2 本实验使用Linux系统，华为云服务器，XShell连接 基因比对与文件操作 可视化使用Rstudio，IGV EXERCISE1 PART 1 在主目录下创建工作目录，用于存放此次作业所需要的文件 mkdir ex2 使用Xtpf7上传文档 上传之后展示如下 PART 2 fastqc使用 cd FastQC chmod 755 fastq