ATAC-seq分析流程

FastQC软件的下载

1. 进入fastqc官方网站，https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
2. 在你的data目录下创建一个FastQC目录：mkdir FastQC.dir；进入这个目录：cd FastQC
3. 在该目录下执行下载命令：nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip 1>fastqc.o 2>fastqc.e`
4. 可以看到在该目录下生成了压缩包: fastqc_v0.11.5.zip
5. 直接对其进行解压缩：unzip fastqc_v0.11.5.zip
6. 可以看到在FastQC目录下生成一个FastQC目录（还包括其他两个文件 fastqc.e， fastqc.o，和 一个压缩包fastqc_v0.11.5.zip）
7. 查看FastQC目录下所有内容：ll FastQC
8. 可以看到~/FastQC.dir/FastQC目录下的fastqc文件的权限中没有执行权限
9. 于是，赋予fastqc文件执行权限：chmod 777 ~/FastQC.dir/FastQC
10. 查看是否赋予成功：ll fastqc (含有x表示可以执行)
11. 加入环境变量（将fastqc文件所在路径加入到可执行文件的路径中，可执行文件路径为~/.bashrc）,命令如下：echo 'export PATH=~/FastQC.dir/FastQC' >>~/.bashrc
12. 加载修改后的设置使得=之生效：source ~/.bashrc
13. 运行fastqc软件即可

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标签：zip,FastQC,fastqc,dir,软件,目录,下载,v0.11
来源： https://blog.csdn.net/wuxintang123/article/details/115472535