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bwa软件对参考基因组构建索引文件

1、当参考基因组大于2G时（约20亿个核苷酸，20,0000,0000）：bwa index -a bwtsw xxx.fa 小于2G时（约20亿个核苷酸，20,0000,0000）：bwa index xxx.fa 2、统计参考基因组碱基数目 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42

pintools的简单使用

目录一、利用pintools分析bwa程序（1）分析函数的调用次数，给出函数调用次序的排序 1. 将写好的插桩程序进行make ，参考Intel官网步骤 2. 下载bwa程序 3. 利用写好的pintools插桩程序来分析bwa的函数调用次数。（2）分析函数的执行时间，按照执行时间排序。 1. 问题二的执行操作思路和上

snakemake教程-02进阶部分

文章目录进阶部分：对案例进行进一步修饰Step 1: Specifying the number of used threadsStep 2: Config filesStep 3: Input functionsStep 4: Rule parametersStep 5: LoggingStep 6: Temporary and protected files练习Summary 参考：https://snakemake.readthedocs.i

bwa mem 比对分值参数测试

常用的序列比对软件bwa： bwa mem命令比对： - 测试分值相关参数： $ BWA mem -M -k10 -T10 ref.fa tst1.fq > tst1.sam 其中： -M: mark shorter split hits as secondary (标记secodary比对结果)； -k: minimum seed length [19] （比对的序列最短长度，默认是19bp）；这里设定10。这

实验记录 | 6/1

（1）首先，下载完成annovar配套的数据库。 perl annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar ljb26_all humandb/ (base) zxx@zxx-Lenovo-Yoga710-14ISK:/media/zxx/TOSHIBA/QBRC/annovar$ perl annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom anno