bwa mem 比对分值参数测试

• 常用的序列比对软件bwa：
  

• bwa mem命令比对：
  
  - 测试分值相关参数：

  $ BWA mem -M -k10 -T10 ref.fa tst1.fq > tst1.sam
  

  
  其中：
  -M: mark shorter split hits as secondary (标记secodary比对结果)；
  -k: minimum seed length [19] （比对的序列最短长度，默认是19bp）；这里设定10。

  这里的seed不是太明白，是否是指read序列，还是有别的含义？测试是序列低于该阈值，则不显示比对结果。

  -T: 比对的最小分值阈值，默认值30。即比对得分值<30不输出比对结果（结果显示未比对上），比对得分值>=30输出比对结果。这里设定10。
  ref.fa: fasta格式的参考序列文件；
  tst1.fq: 输入的fq文件；
  tst1.sam：输出sam格式比对结果文件。

  $ cat ref.fa
  >seq1
  CACGATGTCTCTCCTCTTAATGTGCTGCACATCTGTAGGATGGGGACAAA
  

  该测试使用的默认分值，默认分值说明如下。

• 比对分值参数：
  

  参数	默认	比对情况	分值	说明
  -A	[1]	Match	1	1bp比对得1分
  -B	[4]	Mismatch	-4	1bp错配扣4分
  -O	[6,6]	gap(ins,del)	-6,-6	1bp的ins扣6分，del扣6分
  -E	[1]	gap extension	1	发生extension罚分系数
  -L	[5,5]	soft clipping	-5,-5	在5’端,3’端的softclip扣5分
  -U	[17]	unpaired read	-17	不成对的read扣17分

  • -E: g+[1]*s (g:gap罚分值, s:gap的长度(从第1bp的gap开始算), [1]:该参数设定)
  • -L: 按错配/indel，还是按softclip。 是选择分值高的作为最优比对。该分值设定越大，即对softclip的惩罚越大，那么选择最优比对时，更倾向于错配/indel（尽可能的比对上，而不是直接给出softclip），同样带来的弊端就是有很多错配。但是softclip的分值则不在AS中显示

  举例说明：以上面测试的read id 为 2del2ins的序列为例

  - CIGAR值得为：13M2D8M2I12M10S；(M:match;D:del;I:ins;S:softclip)
  - AS tag给出比对分值："AS:i:17"（17分）
  - 分值计算：
  	- match得分：13+8+12=33
  	- indel罚分：(6+1*2)+(6+1*2) = 16 (ins和del各有两个）
  	- 最终得分：33-16=17
  

  注意：这里的分值并没有计算softclip，因为softclip的分值是在比对过程中，用于计算：
  是将一端的序列视为softclip还是视为可比对（有match、mistmach、indel)；
  如果按比对的分值>视为softclip分值，则选择比对上结果，反之，视为softclip。

标签：17,mem,分值,gap,bwa,softclip,read,序列
来源： https://blog.csdn.net/sinat_32872729/article/details/117563599