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ImageJ新技能:划痕实验分析&细胞共定位

在科研界的江湖中,流传着两大神器——Graphad和 ImageJ,堪称数据图像分析处理的“倚天剑”和“屠龙刀”。确实,它俩一经问世,就翻着花样包装处理着实验结果(原数据及图片),使其从屌丝瞬间逆袭为高富帅,这才能荣登高大上的期刊杂志。现如今,已鲜有软件能夺其锋芒了。尤其就ImageJ(官网:https://

​使用ImageJ进行运动粒子分析

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2095天高分文献都在用的Kymograph analysis,运动粒子分析必备技能!2019年9月Cell发表了一篇重磅研究【1】,该研究鉴定出定位于少突胶质细胞的高尔基体“前哨”细胞器的的特异性标记物TPPP(Tubulin polymerization promoting protein),揭示了TPPP在髓鞘形成等

老司机带你解锁ImageJ三维图片分析技巧

老司机版实用技巧,为小白用户晋级为资深用户铺路!ImageJ (https://imagej.nih.gov/ij/)是美国National Institutes of Health (NIH)开发的基于Java的免费公共图像处理软件,在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。ImageJ可在一个窗口中显示多个空间或时间相关的图像,这些图像集称为

共聚焦三维立体模型保存方法

从二次元到三次元众所周知,ImageJ可对Stack图像进行重建来构建三维立体模型(详见:老司机带你解锁ImageJ三维图像分析)。医学图像中CT层扫图片可重建为三维立体模型,共聚焦图片也可以进行Z-Stack层扫获得三维图片。最近有人问我如何使用ImageJ保存三维效果图,今天就给大家分享一些保存Stac

如何用ImageJ做出这种酷炫动画

老司机带你解锁ImageJ局部放大动画制作与时间序列图片分析。ImageJ(https://imagej.nih.gov/ij/ ) 是美国NIH开发的免费开源图像处理软件,在生物、医学领域中得到了广泛的应用。ImageJ功能让人眼花缭乱,有数百个插件可供使用。在以往的推文中我们已经给大家分享了诸多ImageJ的使用技巧,

如何使用Java或clojure中的ImageJ进行批处理图像处理?

我想使用ImageJ来处理几千张图像. 有没有办法采用任何通用的imageJ插件并将其自动应用于数百个图像? 举例来说,假设我要拍摄我的一千张图片,并对每个图片应用极坐标转换- 可以在这里找到ImageJ的Polar转换插件: http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/polar-transformer.html 大!让我们使

java-imageJ插件参数

您好,我正在尝试将参数传递给ImageJ插件.但是,无论我通过什么,程序都将参数字符串视为空.我在互联网上找不到有关该问题的任何文档. 我的Java插件看起来像这样,并且可以正常编译. import ij.plugin.PlugIn; public class Test implements PlugIn { public void run(String ar

java-以编程方式使用ImageJ查找边缘

我想使用ImageJ的“找到边缘”选项,使用找到边缘的数组并将其以编程方式保存到另一个文件中. ImagePlus ip1 = IJ.openImage("myimage.jpg"); ImageProcessor ip = new ColorProcessor(ip1.getWidth(), ip1.getHeight()); ip.findEdges(); 但是,功能findEdges是抽象的,我无法找到

如何更改黑色的白色背景

在最近的一个项目中,我必须操纵图像,但由于这对我来说是新的,我有点迷茫. 我需要使用常规扫描设备扫描手.我可以完成这个,但背景是白色的,我需要它是黑色的.经过几天的研究找到了改变颜色的方法,我只得到了一个看似切割和粘贴在ms画中的图像. 原始图片: 测试: 我需要的是这样的: 我

python – 图像分析:在图像中查找蛋白质

我正在尝试编写一个程序,它将自动定位图像中的蛋白质,这最终将用于区分存在的两种不同高度的蛋白质. 背景顶部的白色区域是蛋白质所在的膜,而存在的白色斑点是蛋白质.蛋白质有两个叶片,因此它们成对出现(实际上是一种蛋白质). 我一直在斐济(Jython)编写一个脚本来尝试找到蛋白质,这

java – 从Intellij(Maven项目)中的外部jar(.jar)的根目录导入类

我正在使用IntelliJ 2016,我有一些Maven依赖项(用于ImageJ插件开发),我成功添加,两个外部库以jar文件的形式显示.我已将它们添加到项目结构中 – >模块 – >依赖关系,它们也在外部库中正确显示,这些类显示在它们内部,并且依赖范围设置为编译. 其中一个是成功导入,而另一个则不是.

用ImageJ快速分析和处理图像

ImageJ是一款由美国国立卫生研究院(NIH)开发的软件,原名NIH Image,适用于McIntosh、Windows和Linux等系统。ImageJ旨在对图像进行更好的分析和处理,可以下载或在线使用,运行需Java 1.4或更高版本。 产品特点 ImageJ是一款通用软件,用户可使用它运行程序,编写和修改代码,并向他人分享。该软