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amber模拟kcl水溶液
最近刚开始学习amber软件，看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了。就暂时跑了个分子动力学，其他的啥也没处理。先把我的操作过程记录下来吧，免得日后忘记。 一、构建kcl.pdb结构 利用GaussView构建结构，其实很简单，就分别选择K和Cl，然后在窗口点两下，保存成kcl.pdb。 二、利用xleaAmber MD结果处理分析
1.RMSD 【1】prmtop参数文件水分子去除prmtop.cpptraj parm X_box.prmtop parmstrip :WAT parmwrite out X_box_strip_wat.prmtop run 执行命令 cpptraj prmtop.cpptraj 【2】nc轨迹文件水分子去除nc.cpptraj parm X_box.prmtop trajin X_box_md.nc autoimage strip :WAT tubantu20.04安装Amber20 && AmberTools
Ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools 1.准备下载好的amber（Amber20.tar.bz2）及tools（AmberTools20.tar.bz2）安装包： 1 $ cd MySoftware_home 2 $ tar xvfj Amber20.tar.bz2 3 $ tar xvfj AmberTools20.tar.bz2 两个压缩包会解压到一个名为amber20_src的文件夹里 2.设置AMBERHOME主Amber Group创始人兼CEO Michael Wu：CBDC将成为更广义、重要的加密资产
1月14日，Amber Group创始人兼CEO Michael Wu应区块链媒体链得得邀请，参与“不得了”对话栏目，与三位同是区块链领域、有多年海外金融行业背景的嘉宾，共同探讨央行数字货币的格局态势与应用路径。 Michael Wu 认为像数字人民币这类CBDC，从创造方式到货币性质和应用，与传统法币的单纯【Redis深度历险】那些年Redis的数据结构
Redis端口号6379的来源 Redis的端口号是6379,但这个端口号并不是随机选择的,源于"MERZ",这个单词在手机当中的对应数字就是6379。"MERZ"在Redis作者Antirez的好友圈当中代表愚蠢的意思。 数据结构 Redis的key只能是字符串，value可以是String,Hash,List,Sorted Set(Zset)。 String R对FPM 模块进行参数优化！
Nginx 的 PHP 解析功能实现如果是交由 FPM 处理的，为了提高 PHP 的处理速度，可对 FPM 模块进行参数跳转。 FPM 优化参数：pm 使用哪种方式启动 fpm 进程，可以说 static 和 dynamic，前者将产生固定数量的 fpm 进程，后缀将以动态的方式产生 fpm 进程pm.max_children static 方式下开启的 fp对FPM 模块进行参数优化！
Nginx 的 PHP 解析功能实现如果是交由 FPM 处理的，为了提高 PHP 的处理速度，可对FPM 模块进行参数跳转。FPM 优化参数：pm 使用哪种方式启动 fpm 进程，可以说 static 和 dynamic，前者将产生固定数量的 fpm 进程，后缀将以动态的方式产生 fpm 进程pm.max_children static 方式下开启的 fpmid、groups、finger、w、whoami、who
查询命令—id、groups、finger、w、whoami、who 1、id命令—查询用户身份标识 [root@localhost ~]# id amber uid=503(amber) gid=503(amber) 组=503(amber) [root@localhost ~]# id uid=0(root) gid=0(root) 组=0(root) 环境=unconfined_u:unconfined_r:unconfined_t:s0-s0AMBER: CPPTRAJ Tutorial C0
CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者，拥有比PTRAJ更强大的功能，本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项。 需要的文件： trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj命令可以打开cpptraj，log文件可以在cpptraj.log中找到。 $ cpptraj CPPTRAJ: