Amber MD结果处理分析
作者:互联网
1.RMSD
【1】prmtop参数文件水分子去除prmtop.cpptraj
parm X_box.prmtop
parmstrip :WAT
parmwrite out X_box_strip_wat.prmtop
run
执行命令
cpptraj prmtop.cpptraj
【2】nc轨迹文件水分子去除nc.cpptraj
parm X_box.prmtop
trajin X_box_md.nc
autoimage
strip :WAT
trajout X_box_md_strip_wat.nc netcdf
run
执行命令
cpptraj nc.cpptraj
【3】RMSDrmsd.cpptraj
parm X_box_strip_wat.prmtop
trajin X_box_wat_md1_strip_wat.nc
rms ToFirst :1-1104&!@H= first out X_rmsd.agr mass
run
执行命令
cpptraj rmsd.cpptraj
【4】X_rmsd.agr
文件查看
使用xmgrace
xmgrace X_rmsd.cpptraj
如下
2.片段提取
【1】提取轨迹中某一帧结构frame.cpptraj
parm X_box.prmtop
trajin X_box_md_.nc 1234 1234
trajout X_box_md_1235.pdb
run
cpptraj frame.cpptraj
3.MMPBSA/GBSA
在进行MD模拟的过程中,复合体水盒的prmtop文件已经生成,可以使用ante-MMPBSA.py
脚本将复合体、蛋白受体、小分子配体的参数文件从水盒prmtop文件中分别提取出来。
【1】prmtop文件拆分
复合体prmtop文件,只需要去除水分子、金属离子
ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c com.prmtop -s ":WAT,Na+,MG" --radii=mbondi2
蛋白质受体prmtop文件,去除水分子以及小分子配体、金属离子
ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c rec.prmtop -s ":WAT,Na+,MG,Y" --radii=mbondi2
小分子配体prmtop文件,去除水分子,蛋白质链、金属离子以及辅酶
ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c lig.prmtop -s ":WAT,Na+,MG,MG,GPP,1-1068" --radii=mbondi2
【2】轨迹文件格式转化
parm X_box.prmtop
trajin X_box_md.nc
trajout X_box_md.mdcrd x
【3】MMPBSA.py输入文件mmpbsa.in
&general
startframe=1000, endframe=8000, interval=20,
/
&gb
igb=2, saltcon=0.100
/
&pb
istrng = 0.100,
/
执行命令
mpirun -np 20 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp X_box.prmtop -cp com.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y X_box_md.mdcrd
标签:Amber,MD,MMPBSA,prmtop,md,处理,nc,box,cpptraj 来源: https://blog.csdn.net/qq_33953882/article/details/113973117