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2022IEEE TRPMS: 基于可变形U-Net的医学图像分割

论文访问地址:https://ieeexplore.ieee.org/document/9354863 论文公开代码:https://github.com/SUST-reynole/DefED-Net 基于可变形U-Net的医学图像分割 论文引用信息:T. Lei, R. Wang, Y. Zhang, Y. Wan, C. Liu and A. K. Nandi, "DefED-Net: Deformable Encoder-Decoder Network

如何研究肿瘤微环境?这篇文章告诉你怎么做!

  导语:   肿瘤微环境(Tumor microenvironment, TME),即肿瘤细胞产生和生活的内部环境是一个复杂的综合系统,不仅包括肿瘤细胞本身、炎症/免疫细胞等细胞成分,还包括细胞外基质(ECM)、细胞因子等非细胞成分。下面,大分子生物医药网小编主要针对如何研究肿瘤微环境等相关问题进行探

OpenJudge NOI 1.8 19:肿瘤检测

【题目链接】 OpenJudge NOI 1.8 19:肿瘤检测 注:该题说是图像中有1个肿瘤,实际测试数据中可能有多个肿瘤。应该按多个肿瘤的情况去考虑。 【题目考点】 1. 二维数组 2. 搜索解连通块问题 【解题思路】 判断一个元素是否是边缘元素:如果它在第1或n行,或在第1或n列,或该位置上下左

IV型胶原蛋白研究丨小鼠IV型胶原蛋白方案

IV型胶原蛋白是组成细胞基底膜的主要结构成分。IV型胶原蛋白包含三种高度相似的胶原蛋白前体:主要类型的a1a1a2(IV),以及次要类型的a3a4a5(IV) 和a5a5a6(IV)。 相关科研人员通过建立基因敲除小鼠模型特异性敲除次要类型IV型胶原蛋白,并结合自发肺癌小鼠模型探讨次要类型IV型胶原

青年体检(肿瘤筛查)

体检类型: 青年体检 体检项目: 12项 适宜人群: 男 价格区间:【480-600元】(参考) 项目名称项目意义科室检查(1项)一般检查健康查体血压、身高、体重、心率、心音、心律、呼吸音等检查,可辅助诊断疾病实验室检查(7项)血液检测血常规血液系统疾病尿液检测尿常规十项泌尿系统疾病肝功能

临床门诊就医经验

每周一上午都要去临床采样用户的呼气,这里做一些在医院眼睛看到的,耳朵听到的一些就医经验。学到了,下次自己去医院办事,就能更高效开心一点。 我们在的门诊是胸痛科,对于第一次来的病人,他们提到身体不舒服,通常医生都会让他去拍个CT。我觉得是为了看到身体内部组织的病变情况,难怪C

干细胞&iPS-Nat Cancer:揭示NR2F2通过促进癌症干细胞保持干性和抑制分化维持恶性鳞状细胞癌状态

NR2F2 controls malignant squamous cell carcinoma state by promoting stemness and invasion and repressing differentiation Blanpain团队使用最先进的遗传模型组合来评估NR2F2在小鼠和人类鳞状细胞癌中的作用。他们发现,NR2F2在恶性癌症中表达。NR2F2失活阻止了良性肿瘤向恶

【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂,并画热图

之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化 其中,第三篇帖子里面有两个注释代码,可以在基因和染色体长短臂两个层面

Cell | 蛋白基因组学揭示胰腺癌潜在治疗靶点与早期诊断标志

胰腺导管腺癌(PDAC)是一种致命的恶性肿瘤,早期检出率低,侵袭性高且预后不良 [1 ]。目前主要的治疗方案——细胞毒性药物的疗效有限,且有严重的副作用,突出了尽早开发更有效、耐受性更好的治疗方法的必要性。KRAS驱动突变的肿瘤难以通过药物靶向,因此,PDAC的早期诊断和合适靶点的确定仍

胆囊息肉肿瘤性病变

  胆囊息肉,是指胆囊壁向囊腔内呈息肉样隆起的一类病变。又叫做胆囊息肉样病变。胆囊息肉样病变可分为良性或恶性病变,但以非肿瘤性病变为多,一般认为直径15mm以上的胆囊息肉样病变几乎全是恶性肿瘤性病变。   胆囊息肉样病变的表现形式包含很多病理类型,病理分类为非肿瘤与肿

DNN整合基因组谱

论文地址:Predicting drug response of tumors from integrated genomic profiles by deep neural networks 利用深度神经网络预测整合基因组谱的肿瘤药物反应作者信息:Yu-Chiao Chiu1, Hung-I Harry Chen1,2, Tinghe Zhang2, Songyao Zhang2,3, Aparna Gorthi1, Li-Ju Wang1, Yufei

1_肿瘤

导包 import numpy as np import pandas as pd 处理数据 创建特征列表 column_names = ['Sample code number', 'Clump Thickness', 'Uniformity of Cell Size', 'Uniformity of Cell Shape', 'Marginal Adhesion', 'Single E

鼻息肉是肿瘤吗?

  一、认识鼻息肉   鼻息肉是鼻腔、鼻窦粘膜极度水肿肥厚而形成的肿物,因其外观似海息肉而得名。发生于鼻甲、基底宽而无蒂茎者通称为息肉样变;形如葡萄、有蒂茎者,称为息肉。   对鼻息肉的认识和治疗可追溯至公元前1000年以前,以往一直将其视为肿瘤,后来组织学研究证明其实为

三博脑科:30岁女性突然不来例假,竟不是妇科内分泌问题!

  对着墙上挂着的日历,张萍(化名)盯了很久,眼光许久不愿离去,但又有些无奈,低下头,长叹一口气,“都5年多了”。   2015年初,她的生理期开始出现异常,从最开始经量减少,到停经,再到彻底闭经没有来过,已经过去了5年。那一年她正好30岁,已经是两个孩子的妈妈。   规律正常的月经是成年女

肿瘤医学项目

  一、软件结构                       MedicalProject 1.小程序账号 + 微信开发者工具 + 前端代码 + 后端数据 = 微信小程序 2.腾讯云服务器 + Tomcat + 后端接口定义 = 可访问的后端服务接口 3.Idea + Java + SpringBoot = PC后端接口定义 4.mysql+mongodb+neo4j

答读者问(4):inferCNV的几个问题

1.肿瘤细胞太少怎么办? Z: 我的样本是肿瘤原发灶、淋巴结转移灶,我的淋巴结细胞恶性细胞基本都是几十个,这样的话是因为我前期过滤太狠了,还是就是淋巴结里面恶性肿瘤细胞很少? H: 淋巴结转移样本我之前处理过,也是有肿瘤细胞很少的情况,当然也有肿瘤细胞数较多的情况,不能一概而论。你

【论文精读】DL-Based 脑部医学图像双任务:联合配准和肿瘤分割

Deep Learning-Based Concurrent Brain Registration and Tumor Segmentation Estienne, T. et al. “Deep Learning-Based Concurrent Brain Registration and Tumor Segmentation.” Frontiers in Computational Neuroscience 14 (2020): n. pag. Abstract Image registra

Nature Cancer | 宋尔卫/苏士成团队揭示lncRNA调控巨噬细胞“双刃剑”作用新机制

巨噬细胞 (macrophage, Mϕ) 是先天免疫系统中重要的免疫细胞,也是血液、淋巴和所有哺乳动物组织类型中最常见的吞噬细胞,具有极强的功能多样性。其中,肿瘤微环境组织中存在的巨噬细胞也被称作肿瘤相关巨噬细胞 (tumor-associated macrophages, TAMs)。一般来说,在不同生理病理因素

TCGA肿瘤基因数据的访问(二)

TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目完成后,最终和其它的一些肿瘤医学项目一起归档在 GDC Portal网站,方便人们访问。 网址是  https://portal.gdc.cancer.gov 其中除了TCGA的数据还有其它一些医学项目产生的基因测序数据,以及临床信息数据。 网站首页如下: 左侧可以点击Projects 根据

TCGA肿瘤样本基因信息库(一)

最近开始分析TCGA这个数据库中的一些SNV信息(single nucleotide variation). 先整理出第一篇知识列表,如下: TCGA的全称和目的 TCGA中的样本来源和编号 TCGA中各样本的突变类型 肿瘤的突变频率举例 1. TCGA的全称和目的 全称- The Cancer Genome Atlas, 译作癌症基因组图谱,是美

科研太单调?cell说文艺范儿的科研也很美!

导语在单调的日常科研生活中,科学家们并没有忘记寻找美景与乐趣。枯燥的数据和图表可不是科研工作的全部,科学图片也可像艺术作品一样传递美好的视觉体验。现在,cell杂志收集了一些美轮美奂的电镜图片,秀出科学大树上所结出的美丽果实。NO.1 利剑出鞘,***骨髓Dylan T. Burnette, Vanderb

【深度学习】腹部CT的肝脏肿瘤分割的探索

【深度学习】腹部CT的肝脏肿瘤分割的探索 文章目录 1 颜色翻转 2 背景 3 U-Net网络 4 Modified U-Net (mU-Net) 5 数据集 6 数据处理及增强 7 结果 8 基于深度学习的图像分割总结 1 颜色翻转 原数据集中的标准肝脏和白色的肿瘤, 肝脏分割的图片,发现做窗口值等的操作,也是将非

【行研报告】2021肿瘤早筛行业报告——附下载

来源 | 动脉网&蛋壳研究院 肿瘤早筛,是指针对表面健康、尚未出现明显异常症状的目标人群,进行早期癌症和癌前病变的筛查。与辅助诊断、伴随诊断等常见的基因检测应用场景以肿瘤临床评价、诊断或者分级为目标不同,绝大多数肿瘤早筛检测结果为阴性。也就是说,适当的肿瘤早筛,是实现早诊

这个超燃神器助力你快速发文章

压箱底的神器,轻易不告诉人!相信大家了解不少TCGA的网页版工具,有分析差异表达,有分析甲基化的,有生存分析的。今天给大家介绍的这款工具可以说是一个全能型工具,它就是GSCALite,网址是http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/。这个工具由华中科技大学生科院的郭安源教授团队开发

​想挖掘血液中的新Biomarker?最新神器来了!

新鲜出炉的Biomaker神器 在医院抽血检查辅助诊断疾病时,每个指标都有自己的意义。也有很多指标是用来辅助筛查肿瘤的,像CEA、CA199等等这些都是非常经典的肿瘤标志物。但随着技术的进步,大家都希望能够找出一些更好的biomarker帮助医生更早也更方便地发现肿瘤的来。基于血液的检查,也