首页 > TAG信息列表 > 碱基

python 中实现切除fastq文件序列的前后若干碱基

  001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fastq", "r") out_file = open("result.txt", "w") dict1 = {} idx = 0 for i

python中统计基因组所含N碱基总个数

  001、 (base) root@PC1:/home/test# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test# cat a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTTAATGCCGGCCGATTCAAATAA CCTCTGGCAACACCCGCTCCGGCAATGTATAGTTCACCGATACATCCAACAGGCAGCATC GGC

python 中实现将fasta文件中碱基以每行指定数目输出

  001、测试数据 [root@PC1 test2]# ls a.fa test.py [root@PC1 test2]# cat a.fa ## 测试数据 >OR4F5_ENSG00000186092_ENST00000641515_61_1038_2618 CCCAGATCTCTTCAGTTTTTATGCCTCATTCTGTGAAAATTGCTGTAGTCTCTTCCAGTTATGAAGAAGGTAACTGCAGAGGCTATTTCCTGGAATGAATCAACGAGTGA

生物信息常用文件格式

文章目录 序列信息FASTAFASTQ 比对信息PAFSAM/BAM/CRAM 基因标注信息BEDbedMethyl GFFWiggle/WIGBedGraph 基因变异VCF 生物信息学中有很多分析软件，也就有了多种文件格式。下面简单总结一些常用的文件格式以备随时查阅。 序列信息 首先最需要的就是存储基本DNA、RNA或蛋

不会研究疾病？来点简单的临床SNP套路

基础和临床都适用，一个相当万金油的套路如果你还记得分子生物学书上的一点内容的话，对“单核苷酸多态性（SNP）”这个词应该不会感到陌生，它主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。基因的SNP大家应该比较容易理解，基因上的

提取基因的特定外显子exon的碱基序列 | NCBI

主要是可变剪切分析的实验验证需要用到具体的碱基序列，如果工具使用不熟还是挺烦的，容易搞错或者放大工作量。   最简单的方法： 以PKM为例，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5315    click "Tools" - "Sequence Text View"   然后就可以看到非常清晰准确的exon及其氨基酸序

科研提升实训（0）——开题

选择参加了学院的科研提升实训项目，写写东西记录下实训的过程与心得。先从开题开始，简单的介绍下整个项目的内容，感谢老师和学长在开题的时候对我的帮助！ 项目名称 多核平台下FASTQ文件预处理软件的设计与优化 项目目标 1、 设计并实现针对FASTQ类型文件保存的基因测序数据质量控

[TJOI2018]碱基序列

[TJOI2018 碱基序列](https://www.luogu.com.cn/problem/P4591) 偷懒直接 SAM 上 DP。 设 dp(i,j) 表示用前 i 行氨基酸匹配到状态 j 的方案数。 由于这个题面比较玄学， 复杂度就挺玄学， 随手加点剪枝就可以很快。 ```cpp #include <bits/stdc++.h> typedef long long LL; using

谷歌推出开源工具DeepVariant，用深度学习识别基因变异

Google今天推出了一个名叫DeepVariant的开源工具，用深度神经网络来从DNA测序数据中快速精确识别碱基变异位点。 学科研究的革命性进展，特别是基因学上，需要依赖于新技术的出现。比如桑格发明了测序法之后，才实现了人类基因组的测序。 再比如DNA（微阵列）芯片技术的诞生，使得大规模的基因

【LibreOJ NOIP Round #1】DNA 序列

思维定势太强，脑洞不够大囧 原题：     n<=5e6，k<=10    第一眼看：26进制表示连续的k个碱基，由于k能到10所以离散化一下 一看数据：n是5e6？？？这离散化必然会被卡 思考一下：会不会是loj跑太快了出题人要卡做法才出这么极限 我觉得不太可能，就没去写，怎么都想不到做法 第二天：字母只有四种，可能

2021-02-23

算法中级：DNA 配对 在这道题目中，我们需要写一个函数，为 DNA 中的碱基配对。这个函数只接收一个表示碱基的字符串为参数，最后返回完成配对的二维数组。 碱基对 由一对碱基组成。碱基有四种，分别为 A（腺嘌呤）、T（胸腺嘧啶）、G（鸟嘌呤）和 C（胞嘧啶）。配对原则是：A 与 T 配对，C 与 G 配对。我们需

Java DNA碱基对

问题描述 生物的基因都是由4种不同的碱基构成,一般用A, T,G、c表示这4种碱基。碱基之间可以配对构成碱基对,在配对时只能A和T配对, G和c配对。配对的碱基对按某种顺序连接成螺旋的梯子状,组成了基因。 一般而言,表示一个基因只需要使用一测的碱T基序列即可。例如,使用AGTC来

基因就是DNA吗

基因就是DNA吗   说到DNA，不少人会说：那不就是基因吗？其实，这是一种误解。DNA和基因是两个频繁使用的科学词汇，两者关系非常密切，但又绝不能把DNA等同于基因。打个比方，将一根长长的钢丝，每隔一段绕成包含几个圈的弹簧圈，这时的钢丝除有直的部分外还有弹簧圈，尽管弹簧圈是由钢丝绕成的，但

nanopore测序技术专题（六）：测序错误率太高无法使用？

nanopore测序技术专题（六）：测序错误率太高无法使用？   十二年前，你嫌illumina测序错误率高，不愿第一个吃螃蟹；七年前，你嫌pacbio的错误率高，觉得应该在等等；四年前，你担心国产的BGIseq错误率高，不愿尝试；现在你还是害怕nanopore测序错误率高，怕投入失败，决定还是坚守二代，等后面测序质量提高的

各种测序基础知识汇总

1.RNA-Seq名词解释 2.测序名词解释 3.高通量测序常用名词解释 4.转录组测序问题集锦 RNA-Seq名词解释 index 测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。 碱基质量值 （Quality Score或Q-score）是碱基识别（Base Calling）出错的概率的整数映

二代测序质量控制（FastQC）

【最近拿到了近1TB的全基因组测试数据，在数据分析之前，有必要对数据质量进行评价】在二代测序过程中，测序仪通过荧光成像读出每一个DNA或者RNA序列的碱基类型。在大量的阅读识别碱基过程中，难免会有各种各样的错误。所以，当我们拿到测序数据之后，不是急急忙忙地进行数据分析，而是首先应该

Heterozygosis SNP 和 Homology SNP, SNP的二态性

  纯合SNP和杂合SNP是SNP calling软件如GATK或者SAMtools根据测序深度、碱基质量值、比对质量值和基因型质量值等综合判断出来的纯合和杂合，   简单来说，纯合SNP可以认为该位点测到的所有reads只是一种碱基类型，杂合SNP为二种或二种以上的碱基类型，不排除特殊位置。          

长序列测序数据分析的机遇与挑战

  导读：长序列测序（即三代测序）技术正克服精确性和通量方面的限制，逐渐应用于基因组学的各个研究领域，因此专门的分析工具也应运而生。但目前层出不穷的此类工具使研究者难以抉择，为了更好地指导长序列测序数据的设计和分析，墨尔本大学Gouil团队综述了长序列测序数据分析工具的当前状

题解【loj537】「LibreOJ NOIP Round #1」DNA 序列

题目描述 \(NOIP\)复赛之前\(HSD\)桑进行了一项研究，发现人某条染色体上的一段\(DNA\)序列中连续的\(k\)个碱基组成的碱基序列与做题的 \(AC\) 率有关！于是他想研究一下这种关系。 现在给出一段 \(DNA\) 序列，请帮他求出这段 \(DNA\) 序列中所有连续\(k\)个碱基形成的碱基序列中，出现最

相似基因

相似基因 题目 【题目描述】 大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸，简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。 在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常

Evaluate|GC content|Phred|BAC|heterozygous single nucleotide polymorphisms|estimate genome size|

（Evaluate）：检查reads，可使用比对软件：使用SOAPaligner重新排列；采用massively parallel next-generation sequencing technology，效果很好（因为覆盖率高，精度高） 重新做有何意义：此时不需要过高的测序深度，因为用原来的read向之前assembly的基因组上比对，此时的测序深度也可以自己设定，20X以上就

一 二 三代测序技术

在日常的科研中我们时不时的会听到小伙伴们在讨论那些关于测序的东西，什么高通量测序，二代测序，Sanger测序等等。今天我们就用最简单的言语来讲解一下这三种测序技术。 一代测序技术，也被称为Sanger测序，其实是由一个叫Sanger的人发明的一种测序方式。其利用了双脱氧核苷酸会终止PCR的原

[TJOI2018] 碱基序列

[题目链接]          https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=5337 [算法]          考虑构建后缀自动机          用fi , j表示前i个串 ， 匹配到自动机上的j号节点方案数          在自动机上dp即可 ,  详见代码           时间复杂度 : O(N