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NVT模拟时出现水分子空洞
density盒子收缩的原理： 蛋白和水盒子叠合的过程中，是有个范围内没有水的，这个空间是空的，但跑起来以后，水分子会渗入进去，于是水就不够了，盒子有部分就变成真空了。 水盒子要加厚： 越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否多线程（H2O 生成）
1117. H2O 生成 现在有两种线程，氧 oxygen 和氢 hydrogen，你的目标是组织这两种线程来产生水分子。 存在一个屏障（barrier）使得每个线程必须等候直到一个完整水分子能够被产生出来。 氢和氧线程会被分别给予 releaseHydrogen 和 releaseOxygen 方法来允许它们突破屏障。 这些线Gromacs制作能量收敛的水分子层
制作可用于计算的介电常数的水分子层 总的来说，需要用溶解的方式制作gro文件，然后自己制作top文件，如果直接用pdb2gmx和用packmol制作的由单体水分子构成的分子层会使得分子之间成H键。 制作gro文件 gmx solvate -box 11 11 2 -cs spc216.gro -o water_test.gro 盒子的大小是配H2O 生成
一、题目：https://leetcode-cn.com/problems/building-h2o 现在有两种线程，氧 oxygen 和氢 hydrogen，你的目标是组织这两种线程来产生水分子。存在一个屏障（barrier）使得每个线程必须等候直到一个完整水分子能够被产生出来。氢和氧线程会被分别给予 releaseHydrogen 和 releaseOxygen