NVT模拟时出现水分子空洞
作者：互联网
density盒子收缩的原理：
蛋白和水盒子叠合的过程中，是有个范围内没有水的，这个空间是空的，但跑起来以后，水分子会渗入进去，于是水就不够了，盒子有部分就变成真空了。
水盒子要加厚：
越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用，而发生形变。。所以水盒子要厚，一般我默认盒子12A起，density也要多步，至少4次5000步，最后看密度波动，波动值小于1%了就可以走下一步了。
出处：http://www.cnblogs.com/wq242424/
标签：NVT,盒子,density,收缩,空洞,多步,水分子,蛋白 来源： https://www.cnblogs.com/jszd/p/16168404.html