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单细胞开放染色质数据分析 | scATAC-seq
终于要开始分析scATAC-seq数据了，联合scRNA-seq就可以做multi-omics，可以深入挖掘TF的调控机制。 基本教程： scATAC-seq建库原理，质控方法和新R包Signac的使用 分析工具： signac - https://github.com/timoast/signac QC PCA and UMAP peak to gene integration wit注意组蛋白修饰分布和功能
下表为常见的组蛋白修饰的主要分布及功能： 异染色质是染色质的浓缩，转录无活性状态，H3K9甲基化是异染色质的标志。H3K27me1和H3K9me3存在于着丝粒异染色质区域，而H3K27me3和H3K9me2共同存在于抑制的常染色质区域中。H3K9ac也与H3K14ac和H3K4me3高度共存共同作为活性基染色质可及性
染色质可及性（Chromatin accessibility）是核内大分子能够物理接触染色质化DNA的程度，由核小体的占据和拓扑结构以及阻碍DNA可及性的其他染色质结合因子决定。染色质调控区域的研究： 对CHIP-seq和ATAC-seq发展的深入思考
摘要 染色质调控区域在许多疾病过程和胚胎发育中起着关键作用。表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着一文读懂三维基因组
文章目录 一、细胞核 *Nucleus*二、染色质疆域 *Chromosome Territory，CT*三、染色质区室 *A/B compartments*四、拓扑结构域 *Topologically associating Domains，TAD*五、层关联域 *Lamina Associating Domains，LAD*六、核仁关联域 *Nucleolar Associating Domains，NAD*七、