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python中统计人类基因组的外显子总长度（部分测试序列）

  001、方法1 root@PC1:/home/test# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 #chromosome nc_accession gene gene_id ccds_id ccds_status cds_strand cds_from cds_to cds_loc

Java贪心算法解决基因拼接（Gene Assembly）问题

使用贪心算法解决基因拼接（Gene Assembly）问题： 贪心算法一般按如下步骤进行： ①建立数学模型来描述问题 。 ②把求解的问题分成若干个子问题 。 ③对每个子问题求解，得到子问题的局部最优解 。 ④把子问题的解局部最优解合成原来解问题的一个解 实验内容： 一、实验目的 练习使

好东西齐分享！介绍个浙大的优质数据库

要么筛，要么猜。分子生物学里有一个概念叫“顺式剪接”，意思是在同一个基因内，切除内含子，使相邻的外显子彼此相连的剪接方式叫做顺式剪接。因为内含子和外显子有多个，所以如何“剪”和“接”也就形成了一个新的科学问题——“可变剪接”。一条未经剪接的RNA，含有多种外显子，可以被剪成不

提取基因的特定外显子exon的碱基序列 | NCBI

主要是可变剪切分析的实验验证需要用到具体的碱基序列，如果工具使用不熟还是挺烦的，容易搞错或者放大工作量。   最简单的方法： 以PKM为例，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5315    click "Tools" - "Sequence Text View"   然后就可以看到非常清晰准确的exon及其氨基酸序

外显子组测序数据分析

                简介外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。全外显子组测序仅需对全基因组的2%左右的区域进行测序，就能够得到超过95%的已知功能区域的信息，而这些区域涵盖了95%的孟德尔疾病致病突变以及多

AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factoAKAP95通过支架RNA和RNA加工因子调控剪接

AKAP95通过支架RNA和RNA加工因子调控剪接 胡静，Alireza Khodadadi-Jamayran，毛妙伟，库沙尼沙阿（杨振华，塔拉特·纳西姆（ Md Talat Nasim）王泽峰＆郝江  自然通讯 卷 7，产品编号：  13347（2016） 引用本文 3297次访问 9引文 2高度 指标细节 抽象 前mRNA的选择性剪接显着促进

各种测序基础知识汇总

1.RNA-Seq名词解释 2.测序名词解释 3.高通量测序常用名词解释 4.转录组测序问题集锦 RNA-Seq名词解释 index 测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。 碱基质量值 （Quality Score或Q-score）是碱基识别（Base Calling）出错的概率的整数映