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分子动力模拟
摩尔气体常数 molar gas constant R=0.008314472kJ/ (mol·K） 分子模拟中使用基于牛顿力学的力场（Force Field）来描述分子内于分子间作用力。一般为以下函数形式： 其中前一项为L-J势（短程力），是用来模拟两个电中性的分子或《史蒂夫 乔布斯传》：科技与人文的完美结合
个人算不上果粉，甚至在读这本笔记之前，对乔布斯了解的挺少。抱着一点好奇的心态，初读该书，便欲罢不能，强烈推荐这本传记，又是一个典型的天才与疯子的案例。以下，简单记录下读完本书的感想。 衣柜的背板 每个人的精力都是有限的，想要做点什么事情，专注是必不可少的，尤其是需要持续投入的事情蛋白质结合自由能计算（伞形采样法为例）
基础理论 1 分子模拟基础理论 1.1 统计力学理论概述 1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法、有限差分法 1.3 力场、力场类型、参数和分类：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS 1.4 基础知识：积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件 1.5 模拟基本流程：能量生成小分子力场TOP-OpenMM
1.首先你需要安装openmmforcefields conda install -c conda-forge openmmforcefields 2.然后产生一个小分子模版生成器（a small molecule residue template generator），按照下例 # 创建一个 openforcefield Molecule 对象（苯，SMILES模式） from openforcefield.topology import Mol