分子动力模拟

摩尔气体常数 molar gas constant R=0.008314472kJ/ (mol·K）

 

 

 

 

 

分子模拟中使用基于牛顿力学的力场（Force Field）来描述分子内于分子间作用力。一般为以下函数形式：

其中前一项为L-J势（短程力），是用来模拟两个电中性的分子或原子间相互作用势能的一个比较简单的数学模型。L-J势从物理意义上讲，12次幂项可认为是对应于两体在近距离时以互相排斥为主的作用（交换互斥作用），6次幂项对应两体在远距离以互相吸引为主的作用（色散吸引：指分子相互靠拢时，它们的瞬时偶极矩之间产生的很弱的吸引力），而此六次方项也的确可以使用以电子-原子核的电偶极矩摄动展开得到。后一项为静电作用项（长程力），原子电荷信息可以使用量子化学计算在RESP拟合得到，或者使用更粗略但快速的AM1-BCC电荷。

通常，分子模拟软件将L-J称为范德华力。这与我们教科书上的说法略有不同，它只包含了色散力和排斥力部分的描述，而不包括对诱导力（诱导偶极作用）的描述。实际上在很多情况下也足矣描述分子体系了，在不存在有强的极化性质物质（如高价金属离子）存在时，诱导力的贡献是较小的一部分（但是氢键也有相当一部分诱导力贡献，因此早期一些力场才会特意考虑氢键项）。当然，考虑了诱导力自然会更精确，但对于分子模拟而言计算的开销会大大增大，AMOEBA、Amber02等可极化力场由于使用了drude振子模型，能够考虑诱导力的贡献。

   

标签：分子,动力,力场,诱导,两体,模拟,描述
来源： https://www.cnblogs.com/taoxianzan/p/15861750.html