目录

• 遗传性肿瘤简介
• 检测和分析流程
• 如何生成一份报告
• 实例

遗传性肿瘤简介

• 遗传性肿瘤综合征：由于遗传性原因导致的染色体和基因异常，造成系统性肿瘤患病几率大大增加
• germline variant：存在所有细胞中
• somatic mutation：仅存在肿瘤细胞中
• 多数遗传性肿瘤为常染色体显性遗传（AD遗传）：父母的致病突变有50%概率遗传给后代，外显不全（携带不一定表现），遗传易感性（好患某种遗传病倾向）
• 家族聚集性：家族中多位相同或不同肿瘤患者（同类致病基因导致）
• 早发：45岁之前
• 多原发：双侧肿瘤 / 多个原发灶同一病人 / 同时多种肿瘤
• 罕见肿瘤
• 肿瘤是一种基因病，它不是突然发生的（缓慢的过程），只是突然被发现的。所以及时早筛

检测和分析流程

• 位点检测 VS 目标区域捕获
• 遗传性肿瘤基因检测

• 产品示例

• 肿瘤基因检测流程
  

遗传解读介于信息与遗传咨询之间（转化为通俗易懂语言）

如何生成一份报告

• 遗传肿瘤分析整体流程
  
  ①人群数据检索
  
  ②突变类型判断
  
  ③常用数据库检索
  
  常用数据库：
• NCBI——ClinVar（单个位点详细信息），Gene，Pubmed
• OMIM：在线人类孟德尔遗传信息，包含了支持基因与疾病关系和疾病机理的代表性基因变异
• BIC：也比较权威，需要账号
• HGMD：免费和商用版
• ARUP：mutation database
• LOVD：突变位点查询
• UMD数据库

④文献检索

力求找到所有文献
SNV文献检索：

CNV文献检索：

• HGMD中查找对应CNV变异，查阅链接文献
• 谷歌检索：基因+外显子 Del（或DUP）

文献溯源（找到附件的原文）：

• 文件名/sheet/表格标题中的特征信息：附件自带命名或去掉S1/T1等字样后检索
• 附件内容中的特征信息
• 网址中的特征信息：如附件域名，或多个附件的部分域名查询（如去掉附件中的mmc），或用附件网址
• 利用官网
• 附件属性中的特征信息：如附件的作者，日期等

⑤软件预测

• 氨基酸变化预测网站：推荐HGVS（人类基因组变异协会）命名变异，使用命名工具mutalyzer对基因变异的HGVS命名进行检验
• 功能预测：SIFT，PolyPhen2，Mutation Taster
• 结构域查询：uniprot
• Varsome
• InterVar

⑥汇总证据，确定变异分级

⑦确定为点，报出逻辑

⑧报告撰写

实例

• 并不是所有的同义突变都是良性突变

• 并不是所有的烈性突变都是有害突变

• 疾病不对应
  

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肿瘤基因组临床应用专题：
【1】 肿瘤医学研究前言进展
【2】肿瘤基因检测相关技术原理
【3】肿瘤基因组数据分析方法概述
【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件
【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程
【6】肿瘤胚系突变遗传分析及数据库使用
【7】基于NGS检测体系变异解读和数据库介绍
【8】肿瘤临床遗传咨询及案例分析

标签：遗传,变异,数据库,基因,胚系,附件,突变,肿瘤
来源： https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/13575698.html