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【UCSC Genome Browser】- ClinGen剂量敏感性分析
【UCSC Genome Browser】- ClinGen剂量敏感性分析 ClinGen是美国国立卫生研究院（NIH）资助的资源，致力于构建用于精准医疗研究的基因、变异和疾病的临床相关性的资源。在遗传变异解读过程中，离不开ClinGen网站（https://clinicalgenome.org/）的使用，比如遇到基因LoF(Loss of Function)如何在 bash 里面写 python
如何在 bash 里面写 python 在生物信息学领域, linux 是最常用的生产环境. 本文讨论如何在 bash 中使用 python, 以充分利用 python的可扩展性和语法糖, 避免同时需要编辑 python 和 bash 两个脚本 bash 向 python 输入变量 bash 可以直接通过调用变量, 将变量的内容放入字符参考基因组
参考基因组版本命名参考基因组联盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配，纠正，增加基因组序列，以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 （Genome Reference Consortium Human Build 38），GRCh38 在UCSC基因矩阵快速幂（快速幂）模板题目Decoding Genome
这类题目的难点在于，数据量大，需要用到高精度，也就是快速幂 https://codeforces.com/group/vFwRVj9WjO/contest/328371/problem/H #include <iostream> #include <cstdio> #include <cstdlib> #include <cstring> #include <cmath> #include <algorithm> #define MXilinx FPGA在基因组测序中大显身手！
Xilinx FPGA在基因组测序中大显身手！ sleibso FPGA开发圈 作者：sleibso ，编译：蒙面侠客 引言 PrecisionFDA平台是基因组信息学社区和共享数据平台，这是一个为研究人员准备的开源、基于云的工具，它将为下一代测序诊断提供依据，并且为所有开发者提供统一的、可共享的在线基因组信息数据库，使Reference-assisted chromosome assembly
Reference-assisted chromosome assembly Jaebum Kim, Denis M. Larkin, Qingle Cai, Asan, Yongfen Zhang, Ri-Li Ge, Loretta Auvil, Boris Capitanu, Guojie Zhang, Harris A. Lewin, and Jian Ma PNAS January 29, 2013 110 (5) 1785-1790; https://doi.org/HiFi全基因组测序技术与实例｜HiFi基因组组装软件推荐
HIFI技术的简介 HiFi reads（High fidelity reads） 是Sequel II 三代测序平台推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列，一般采用CCS（Circular Consensus Sequencing）模式测序。在这种测序模式下，酶读长一般大于插入片段长度，因此酶会绕着模板进行滚环测序，插入片段会被多次测序。单次测Long-read sequencing and de novo assembly of a Chinese genome 一个中国人基因组的长读测序和重新组装
Abstract Short-read sequencing has enabled the de novo assembly of several individual human genomes, but with inherent limitations in characterizing repeat elements. Here we sequence a Chinese individual HX1 by single-molecule real-time (SMRT) long-readKEGG PATHWAY
KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络： 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类疾病 7.药物开发 PATHWAY的五种类型 仅仅第一种参考通路(reference pathway)Contig|scaffold|N50|L50|NG50|贪心算法|de bruiji graph|
生物信息学 Contig是reads拼成的连续的DNA片段，连续表达一个gene。通过双端测序的contig可确定contig之间的关系得到scaffold，Scaffold是reads拼成的有gap的DNA片段。理想情况下，一条染色体用同一个scaffold的表达。整个genome存在很多零碎片段，可舍弃。因为duplication产生很多overlaGIVE 添加 bigWig 文件
GIVE 添加 bigWig 文件1. 代码 1. 代码 bash add_track_bigWig.sh -u root -p Admin2015 -r hg38 -t exampleBW -g "RNA_seq" -l "An example bigWig from single cell RNAseq" -s "Gene Expression" -o 3 -v full -a true -f /tmp/example_data/examplXshell登陆服务器及Linux的简单命令
在之前的推文中，我已经给出了怎样利用Git登陆服务器”你在用xshell，putty登陆？推荐一个小工具(Git)登陆“其中包括xshell登陆服务器。今天讲讲常见的Linux命令，这个和之前将的利用Git中有很大一部分是一样的。 在命令中用到#井号表示注释，对该命令进行解释#ls表示显示当前目录的文件smc# – 为遗传算法表示二进制基因组的合理方法是什么？
我的previous question缺乏经验,并且基于一个假设.现在我更聪明了. (把1和0放在一个字符串里？Pah！我嘲笑这个建议！) 我的问题是,我应该如何编码我的基因组？ 在纸面上,它们看起来像这样： 01010011010110010 17位,用于编码(在某些情况下单独地,在某些情况下作为组)要测试的参数. 要求是：TransposonPSI——转座子分析的入门自学
最近需要做转座子分析，查找发现可以使用 TransposonPSI 来进行分析。但是登陆官网，该软件 update 时间为 2013 年，但是因为时间紧迫，暂时还没有进行其他方法的调研，所以先选用该软件进行了分析。 一、TransposonPSI 安装及使用 1. TransposonPSI 安装 官网： http://transposonpsi.source