实战药物分子筛选之一_
作者:互联网
计算机辅助药物设计和GROMACS开展训练
内容大致为生物分子相互作用、蛋白相关分析、同源建模、化合物、AUTODOCK或薛定谔、虚拟筛选、预测蛋白、构效关系、MOE碎片药物设计、蛋白质结合自由能计算、水溶性蛋白等
结合您研究看看是否对您有所帮助
实例讲解与练习:
· (1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图
· (2)Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合
· (3)制作蛋白相互作用动画
· (4)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用图
· (5)用2019-nCoV spike蛋白序列建模,根据相应参数和方法评价模型
· (6)分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子
· (7)针对1IEP完成半柔性对接、柔性对接
· (8)对1IEP晶体复合物完成虚拟筛选,并对结果进行分析
· (9)ZDOCK模拟2019-nCoV的spike蛋白6VXX和ACE2蛋白晶体结构的相互作用
· (10)搜集Imatinib或Bcr/Abl同靶点抑制剂小分子的类似物结构及其活性值,分别构建COMFA与COMSIA模型,并调整参数,获得最佳预测模型
· · (11)利用碎片替换、碎片链接、碎片生长以及BREED对晶体复合物中的小配体进行碎片化合物的生成,并对结果进行分析
· https://mp.weixin.qq.com/s/QuaA_s5zdFywMWBvKx20uA(安全公众号文章)
2021年05月15日-05月16日
2021年05月22日-05月23日
标签:实战,药物,05,复合物,碎片,靶点,筛选,相互作用,蛋白 来源: https://blog.csdn.net/YHJX57/article/details/116259716