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【实验记录】8月25日
ls /home/xxzhang/data/Epigenome/cistrome/human_histone_mark/named_sort/ |grep 'Fetal' |xargs -I {} mv /home/xxzhang/data/Epigenome/cist ome/human_histone_mark/named_sort/{} ./ 这里的话，就是批量的把fetal的样本拿了出来。如下图所示。 ls ./ |grep "H3K4me3_" |xar【实验记录】7月30日 复现作者的示例代码-Roadmap
ssh xxzhang@192.168.79.84 cd /home/xxzhang/data/Epigenome/Roadmap/ 1、拆分原始bed文件，并重命名文件名 (base) [xxzhang@cu08 Roadmap]$ python /home/xxzhang/workplace/software/giggle/examples/rme/rename.py /home/xxzhang/workplace/software/giggle/examples/rme/sta【实验记录】2022年7月20日-7月22日
今日目标：（1）阅读文献：GIGGLE；（2）将其应用到cistromDB转录因子的那套数据中； 一、文献整理 1、GIGGLE用以解决什么问题？ 结合已有的表观组的数据，如open chromatin,enhancers和transcribed regions,对我们感兴趣的基因组位点进行注释。 2、GIGGLE的优势： （1）检索的速度快；（2）对结果进行排名，找到最实验记录 | shimmer运行过程中的lib依赖问题（1）
问题描述： perl /home/xxzhang/workplace/software/Shimmer/shimmer.pl --minqual 25 --ref ./geneome/hg19/hg19.fa /home/xxzhang/workplace/QBRC/output_RNA/normal/normal.bam /home/xxzhang/workplace/QBRC/output_RNA/tumor/tumor.bam --outdir ./output_RNA /home/xxz实验记录 | 6/5
今天早上（8：57）过来，发现R已经安装完成了，非常棒。 ./Rscript Usage: /path/to/Rscript [–options] [-e expr [-e expr2 …] | file] [args] –options accepted are –help Print usage and exit –version Print version and exit –verbose Print information on progress –实验记录 | 6/4
首先，解决昨天的报错。 根据报错信息，我发现了两个网址： （1）论坛上关于错误的解释：http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/63/input-files-have-incompatible-contigs （2）官网给出的解决方案：https://www.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=1328 但是，今天这个网站