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snakmake 小练习
最近在学习snakemake 用于生信流程管理，现在用一个snakemake 来完成小任务：将在某一文件夹下的多个bam文件截取一部分，然后建立索引，在提取出fastq序列，最后比对回基因组。 需要两个文件，一个配置文件config.yaml和snakemake文件。 config.yaml 文件内容用空格分隔，主要是要用到的软snakemake教程-03额外特征
文章目录 额外的特征1. Benchmarking（基准测试）2. Modularization（模块化）3.Automatic deployment of software dependencies（自动部署软件依赖项）4. Tool wrappers（工具包装）5. Cluster execution6. Using –cluster-status7.Constraining wildcards 参考： https://snakemake.snakemake教程-02进阶部分
文章目录 进阶部分：对案例进行进一步修饰Step 1: Specifying the number of used threadsStep 2: Config filesStep 3: Input functionsStep 4: Rule parametersStep 5: LoggingStep 6: Temporary and protected files练习Summary 参考：https://snakemake.readthedocs.i