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seqkit | 序列处理利器 | fastq | fasta
有时候需要个性化处理原始序列，自己写python脚本太慢，且速度太慢，可以用seqkit这个工具，开发得不错。 比如提取10x genomics的barcode，fastq里的前16个碱基。 seqkit subseq Vcl-YFP-CNCC_3_S35_L004_R2_001.fastq.gz -r 1:16 > tmp.fastq 参考： fasta/fq文件处理万能工具fasta序列操作神器——seqkit
一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 4.DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq test.fa --nda2rna > test_rna.fa 5.RNA序列转换为DNA序列 seqkit se统计fasta序列条数
1.统计大于号开始的行数或seqkit 工具 # 通过搜索>的数量 grep -c '^>' myFasta.fasta 1397492 #seqkit统计提取，速度也是很快的 seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4 1397492 # 统计 1-100bp 范围长的序列数 cat t.fa | seqkit seq -m 1 -M 100 | seqkit stat -T | gre