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rsem对转录本进行定量
最近在研究转录本，现在在下载数据，想起来自己有一个博客，就暂且来这里更新一下内容。 要想对转录本进行定量，首先需要下载它的转录组数据，将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 prefetch --option-file wheat.txt 下载后通过sratoolkits将sra数据转化成fq格式 fastq-dump -star和rsem的下载安装
star和rsem的下载安装 建立索引(鼠和人)40min wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/gencode.vM24.annotation.gtf.gz wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/GRCm38.primary_assembly.genome.f使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量，则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的。 ~/software/rsem/rsem-prepare-reference \ --transcript-to-gene-map ~/project/RNA-seq/ref_cds/gene_transcrip