plink

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plink：Error: Line X of .ped file has fewer tokens than expected.

运行命令plink --file test1 --het --out test_het出现的报错："Error: Line 135 of .ped file has fewer tokens than expected." 出现这种报错有两种原因： 1、map文件的SNP数量与ped的数量对应不上； 2、缺失值少了一个0，如下图所示：这种情况解决办法就是把另外一个0补充上，变成00：

使用 emmax 进行GWAS分析

001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode 12 transpose --out emmax_format 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls emmax_format.log emmax_format.tfam emmax_format.tped gwas_test.map

GWAS logistic + 隐性模型回归分析

001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic recessive beta 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped plink.assoc.logistic pl

GWAS logistic + 显性模型回归分析

001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic dominant beta 1> /dev/null ## 使用显性模型分析 root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped plink.as

GWAS logistic回归分析

001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic beta 1> /dev/null ## plink 逻辑回归 root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped plink.assoc.lo

linux shell脚本实现 xx.hmp.txt格式数据转换为plink格式

001、测试数据 root@PC1:/home/test# ls mdp_genotype_test.hmp.txt record.sh root@PC1:/home/test# head -n 5 mdp_genotype_test.hmp.txt | cut -f 1-13 ## 测试数据 rs alleles chrom pos strand assembly center protLSID assayLSID

GWAS分析一般线性模型GLM + 协变量中meta、se、T、p值的计算

001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --pca 3 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped plink.eigenval plink.eigenvec plink.log root@PC1:/home/test# head

GWAS分析一般线性模型GLM中meta、se、T、p值的计算

001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --assoc 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped plink.log plink.qassoc root@PC1:/home/test# head plink.qassoc CHR

GWAS分析中一般线性模型GML中snp的回归系数r2的计算

001、plink计算 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --assoc 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped plink.log plink.qassoc root@PC1:/home/test# head plink.qassoc

plink 软件 --assoc 数量性状关联分析 T值的来源

001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out test 1> /dev/null root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped test.log test.qassoc

plink 软件中 --assoc 参数对二分类性状关联分析卡方值、及p值计算

001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out test 1> /etc/null ## 关联分析 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_tes

plink 软件中 --reference-allele 参数用于设定参考等位基因

001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 SNP1 0 55910 1 SNP2 0 85204 1 SNP3 0 122948 1 SNP4 0

vcftools 软件中 --site-pi 计算的杂合度指的是什么？

--site-pi：位点的期待杂合度。（计算等位基因频率p、q, 处于哈迪温伯格平衡时杂合子的概率，即2pq。） 001、 plink 软件中计算位点的期待杂合度 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls result.map result.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# plink --file result --hardy PL

plink 软件中 --het参数

001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file outcome --het --out test PLINK v1.90b6.26 64-bit (2 Apr 2022) www.cog-genomics.org/plink/1.9/ (C) 2005-2022 Shaun Purcell, Chris

plink 软件中 --check-sex参数

1、--check-sex用于验证性别信息是否可靠。检测依据是对x染色体进行纯合度F值统计。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/GWA_tutorial/1_QC_GWAS/test# ls HapMap_3_r3_5.bed HapMap_3_r3_5.bim HapMap_3_r3_5.fam ## 检测性别异常个体 root@DESKTOP-1N42T

plink Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM.

Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM. 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# cat test.map 1 rs11260595 0 1028961 1 rs6671356 0 1029889 1 rs660496

使用plink、gemma软件进行gwas分析增加协变量

001、plink root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls cov.txt gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# head cov.txt ## 协变量文件前两列FID、IID；第三列性别、第四列到最后PC1-PC5 fam1 id1 2 -0.0102664 0.0442708 -0.0658

gemma、plink使用一般线性模型进行GWAS分析

001、测试数据 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls ## 表型数据为ped文件的第6列 gwas_test.map gwas_test.ped 002、plink 一般线性模型GWAS root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# plink --fi

plink 转发本地端口到远端端口

转发本地 `51538` 端口到服务器的 `3306` 端口 ssh 端口默认 22 , 如果不是则要加参数指定端口 ` -P xx` plink -L 51538:localhost:3306 root@139.xxx.xx.xxx -pw jhs6f3 参数: -pw passw login with specified password 指定ssh登陆密码 -L [listen-IP:]listen-port

plink 软件中 --set-missing-var-ids 命令

plink中 --set-missing-var-ids 用于对缺失snpID的snp设定名称 1、测试数据 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# cat outcome.ped DOR 1 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G A A G

R语言中实现plink --recode A指令

1、R实现 dat <- read.table("outcome.ped") name1 <- c("FID", "IID", "PAT", "MAT","SEX", "PHENOTYPE" ) name2 <- dat[,1:6] name3 <- rbind(name1, name2) dat <- dat[,-(1:6)] c

linux系统shell实现统计 plink文件基因频率

1、 [root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash #step1 check consistence of columns temp1=`head -n 1 $1 | awk '{print NF}'` for i in $(seq `sed -n "$=" $1`) do temp2=$(sed -n "$i"p $1 | awk '{print NF}') if [ $

linux系统shell实现统计 plink文件基因频率

记录EVE-NG抓包时wireshark报错Connection abandoned.

1.找到EVE-NG安装的位置默认安装位置是C:\Program Files\EVE-NG 进入命令行 echo y | .\plink.exe -ssh -l USERNAME -pw PASSWORD HOST USERNAME与PASSWORD对应你eve的用户名和密码安装时默认用户为：admin 密码：eve Host对应的是EVEng配置的ip地址。例如： echo y | .\p

c语言实现复制文件

1、 [root@centos79 test]# cat test.c #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> int main(int argc, char * argv[]) { char ch; FILE * in, * out; char name[30]; if(argc < 2) {