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使用Homer进行motif分析
motif分析——从实战到原理（Homer篇） 鹿无为关注 22020.04.07 12:46:04字数 3,398阅读 20,999 一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置 # 下载配置文件 wget http://homer.salk.edu/hoMETA: Metadata-Empowered Weak Supervision for Text Classification，EMNLP2020
本文考虑在弱监督文本分类情境下使用元数据（metadata），利用元数据作为一个额外的薄弱监督的来源。具体来说，本文将文本数据和元数据组织到一个文本丰富的网络中，并采用motif来捕获元数据的适当组合，并在迭代过程中对motif实例以及种子词进行排序，选择重要的motfi作为种子motif。 Inmeme CentriMo富集 motif匹配序列的获取
背景 当我们使用 CentriMo 进行motif 富集后，如采用下面的命令 $ centrimo -oc test test.500l.fa $meme_motif 会在test目录产生三个文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_counts.txt），用浏览器打开centrimo.html后，点击motif id前面的复选框后，会在左边位置的文本框显现出motif匹配的根据motif binding来确定target gene | HOMER | FIMO | MEME
主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的，并没有被收录在常规的TF数据库里，所以Homer里面没有。 dbcorrdb这个数据库里有，但是很老的JASPAR格式，可以转成meme格式。[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000ARI_1__m5.png]Supervision meeting notes 2019/11/29
topic 分支: 1. subgraph/subsequence mining Wang Jin, routine behavior/ motif. Philippe Fournier Viger; 2. correlation of different factors or self-correlation; the correlation can be among graphs or self-correlation of one graph. 思考放到自己的论linux-Motif Widget Toolkit的Perl绑定
我是Motif程序员.我通常用C编写,但是我决定尝试一些高级语言.我尝试了一些C绑定,但是我意识到我不喜欢这种语言. 对于非GUI编程,我始终使用Perl,但没有找到与该语言绑定的Motif. 你知道吗我可以在Perl中使用Motif库吗？解决方法:X11-Motif